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		<title>4nfx - Revision history</title>
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			<title>OCA at 08:56, 20 March 2024</title>
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&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #ffa; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;YmfB from Escherichia coli is the Nudix hydrolase involved in the metabolism of thiamine pyrophosphate, an important compound in primary metabolism and a cofactor of many enzymes. In addition, it hydrolyzes (d)NTPs to (d)NMPs and inorganic orthophosphates in a stepwise manner. The structures of YmfB alone and in complex with three sulfates and two manganese ions determined by X-ray crystallography, when compared with the structures of other Nudix hydrolases such as MutT, Ap4Aase and DR1025, provide insight into the unique hydrolysis mechanism of YmfB. Mass-spectrometric analysis confirmed that water attacks the terminal phosphates of GTP and GDP sequentially. Kinetic analysis of binding-site mutants showed that no individual residue is absolutely required for catalytic activity, suggesting that protein residues do not participate in the deprotonation of the attacking water. Thermodynamic integration calculations show that a hydroxyl ion bound to two divalent metal ions attacks the phosphate directly without the help of a nearby catalytic base.&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td colspan=&quot;2&quot;&gt;&amp;nbsp;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
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			<pubDate>Wed, 20 Mar 2024 08:56:55 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<pubDate>Wed, 11 Jan 2023 08:26:57 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<title>OCA at 09:08, 10 April 2019</title>
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&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt; &lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&amp;lt;/tr&amp;gt;&amp;lt;tr id='related'&amp;gt;&amp;lt;td class=&amp;quot;sblockLbl&amp;quot;&amp;gt;&amp;lt;b&amp;gt;[[Related_structure|Related:]]&amp;lt;/b&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&amp;lt;td class=&amp;quot;sblockDat&amp;quot;&amp;gt;[[4nfw|4nfw]]&amp;lt;/td&amp;gt;&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt; &lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&amp;lt;/tr&amp;gt;&amp;lt;tr id='related'&amp;gt;&amp;lt;td class=&amp;quot;sblockLbl&amp;quot;&amp;gt;&amp;lt;b&amp;gt;[[Related_structure|Related:]]&amp;lt;/b&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&amp;lt;td class=&amp;quot;sblockDat&amp;quot;&amp;gt;[[4nfw|4nfw]]&amp;lt;/td&amp;gt;&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
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			<pubDate>Wed, 10 Apr 2019 09:08:08 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<title>OCA at 17:08, 2 January 2017</title>
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			<pubDate>Mon, 02 Jan 2017 17:08:45 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<pubDate>Wed, 11 Mar 2015 06:24:06 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<title>OCA at 09:08, 5 January 2015</title>
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			<pubDate>Mon, 05 Jan 2015 09:08:31 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<title>OCA at 07:26, 14 May 2014</title>
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			<pubDate>Wed, 14 May 2014 07:26:28 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<title>OCA at 06:59, 29 January 2014</title>
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			<pubDate>Wed, 29 Jan 2014 06:59:30 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<title>OCA: Protected &quot;4nfx&quot; [edit=sysop:move=sysop]</title>
			<link>http://52.214.119.220/wiki/index.php?title=4nfx&amp;diff=1863265&amp;oldid=prev</link>
			<description>&lt;p&gt;Protected &amp;quot;&lt;a href=&quot;/wiki/index.php/4nfx&quot; title=&quot;4nfx&quot;&gt;4nfx&lt;/a&gt;&amp;quot; [edit=sysop:move=sysop]&lt;/p&gt;

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			&lt;/tr&gt;
		&lt;/table&gt;</description>
			<pubDate>Wed, 13 Nov 2013 07:47:22 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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			<title>OCA: New page: '''Unreleased structure'''  The entry 4nfx is ON HOLD   Authors: Hong, M.K., Kim, J.K., Kang, L.W.  Description: Structure and atypical hydrolysis mechanism of the Nudix hydrolase Orf153 (...</title>
			<link>http://52.214.119.220/wiki/index.php?title=4nfx&amp;diff=1863264&amp;oldid=prev</link>
			<description>&lt;p&gt;New page: '''Unreleased structure'''  The entry 4nfx is ON HOLD   Authors: Hong, M.K., Kim, J.K., Kang, L.W.  Description: Structure and atypical hydrolysis mechanism of the Nudix hydrolase Orf153 (...&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;New page&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;'''Unreleased structure'''&lt;br /&gt;
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The entry 4nfx is ON HOLD &lt;br /&gt;
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Authors: Hong, M.K., Kim, J.K., Kang, L.W.&lt;br /&gt;
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Description: Structure and atypical hydrolysis mechanism of the Nudix hydrolase Orf153 (YmfB) from Escherichia coli&lt;/div&gt;</description>
			<pubDate>Wed, 13 Nov 2013 07:47:21 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:4nfx</comments>		</item>
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