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		<title>5c1p - Revision history</title>
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			<title>OCA at 09:08, 20 March 2024</title>
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&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #ffa; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;D-Alanyl-D-alanine is an essential precursor of bacterial peptidoglycan and is synthesized by D-alanine-D-alanine ligase (DDL) with hydrolysis of ATP; this reaction makes DDL an important drug target for the development of antibacterial agents. Five crystal structures of DDL from Yersinia pestis (YpDDL) were determined at 1.7-2.5 A resolution: apo, AMP-bound, ADP-bound, adenosine 5'-(beta,gamma-imido)triphosphate-bound, and D-alanyl-D-alanine- and ADP-bound structures. YpDDL consists of three domains, in which four loops, loop 1, loop 2 (the serine loop), loop 3 (the omega-loop) and loop 4, constitute the binding sites for two D-alanine molecules and one ATP molecule. Some of them, especially the serine loop and the omega-loop, show flexible conformations, and the serine loop is mainly responsible for the conformational change in substrate nucleotide phosphates. Enzyme-kinetics assays were carried out for both the D-alanine and ATP substrates and a substrate-binding mechanism was proposed for YpDDL involving conformational changes of the loops.&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td colspan=&quot;2&quot;&gt;&amp;nbsp;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
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			<pubDate>Wed, 20 Mar 2024 09:08:12 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:5c1p</comments>		</item>
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			<title>OCA at 06:16, 7 June 2023</title>
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			<pubDate>Wed, 07 Jun 2023 06:16:17 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:5c1p</comments>		</item>
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			<title>OCA at 11:08, 18 March 2020</title>
			<link>http://52.214.119.220/wiki/index.php?title=5c1p&amp;diff=3176261&amp;oldid=prev</link>
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			<pubDate>Wed, 18 Mar 2020 11:08:15 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:5c1p</comments>		</item>
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			<title>OCA at 15:10, 2 March 2016</title>
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&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt; &lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt; &lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #ffa; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Authors&lt;/del&gt;: Tran, &lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;H.T.&lt;/del&gt;, &lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Kang&lt;/del&gt;, &lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;L.W.&lt;/del&gt;, &lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Hong&lt;/del&gt;, &lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;M&lt;/del&gt;.&lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;K&lt;/del&gt;., &lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Ngo, H&lt;/del&gt;.&lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;P&lt;/del&gt;.&lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;T&lt;/del&gt;.&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;+&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #cfc; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Structure of D-alanine-D-alanine ligase from Yersinia pestis&lt;/ins&gt;: &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;nucleotide phosphate recognition by the serine loop.,&lt;/ins&gt;Tran &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;HT&lt;/ins&gt;, &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Hong MK&lt;/ins&gt;, &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Ngo HP&lt;/ins&gt;, &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Huynh KH&lt;/ins&gt;, &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Ahn YJ&lt;/ins&gt;, &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Wang Z, Kang LW Acta Crystallogr D Struct Biol&lt;/ins&gt;. &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;2016 Jan;72(Pt 1):12-21&lt;/ins&gt;. &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;doi:&lt;/ins&gt;, &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;10&lt;/ins&gt;.&lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;1107/S2059798315021671&lt;/ins&gt;. &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Epub 2016 Jan 1&lt;/ins&gt;. &lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;PMID:26894530&amp;lt;ref&amp;gt;PMID:26894530&amp;lt;/ref&amp;gt;&lt;/ins&gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
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&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #ffa; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;[[Category: &lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Unreleased Structures&lt;/del&gt;]]&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;+&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #cfc; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;&amp;lt;/div&amp;gt;&lt;/ins&gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
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&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #ffa; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;[[Category: &lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;Ngo&lt;/del&gt;, H&lt;del style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;.P.&lt;/del&gt;T]]&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;+&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #cfc; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;&amp;lt;references/&amp;gt;&lt;/ins&gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
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			<pubDate>Wed, 02 Mar 2016 15:10:59 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:5c1p</comments>		</item>
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			<title>OCA at 10:18, 16 December 2015</title>
			<link>http://52.214.119.220/wiki/index.php?title=5c1p&amp;diff=2511534&amp;oldid=prev</link>
			<description>&lt;p&gt;&lt;/p&gt;

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			<pubDate>Wed, 16 Dec 2015 10:18:28 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:5c1p</comments>		</item>
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			<title>OCA at 08:52, 9 September 2015</title>
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			<pubDate>Wed, 09 Sep 2015 08:52:00 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:5c1p</comments>		</item>
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			<title>OCA: Protected &quot;5c1p&quot; [edit=sysop:move=sysop]</title>
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			<description>&lt;p&gt;Protected &amp;quot;&lt;a href=&quot;/wiki/index.php/5c1p&quot; title=&quot;5c1p&quot;&gt;5c1p&lt;/a&gt;&amp;quot; [edit=sysop:move=sysop]&lt;/p&gt;

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			<pubDate>Wed, 24 Jun 2015 11:56:14 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:5c1p</comments>		</item>
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			<title>OCA: New page: '''Unreleased structure'''  The entry 5c1p is ON HOLD   Authors: Tran, H.T., Kang, L.W., Hong, M.K., Ngo, H.P.T.  Description: Crystal structure of ADP and D-alanyl-D-alanine complexed D-a...</title>
			<link>http://52.214.119.220/wiki/index.php?title=5c1p&amp;diff=2413915&amp;oldid=prev</link>
			<description>&lt;p&gt;New page: '''Unreleased structure'''  The entry 5c1p is ON HOLD   Authors: Tran, H.T., Kang, L.W., Hong, M.K., Ngo, H.P.T.  Description: Crystal structure of ADP and D-alanyl-D-alanine complexed D-a...&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;New page&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;'''Unreleased structure'''&lt;br /&gt;
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The entry 5c1p is ON HOLD &lt;br /&gt;
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Authors: Tran, H.T., Kang, L.W., Hong, M.K., Ngo, H.P.T.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Description: Crystal structure of ADP and D-alanyl-D-alanine complexed D-alanine-D-alanine ligase(DDL) from Yersinia pestis&lt;br /&gt;
[[Category: Unreleased Structures]]&lt;br /&gt;
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[[Category: Kang, L.W]]&lt;/div&gt;</description>
			<pubDate>Wed, 24 Jun 2015 11:56:12 GMT</pubDate>			<dc:creator>OCA</dc:creator>			<comments>http://52.214.119.220/wiki/index.php/Talk:5c1p</comments>		</item>
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