Reverse Transcriptase (Hebrew) - Revision history

Shany Doron at 11:26, 15 August 2017

Shany Doron — Tue, 15 Aug 2017 11:26:37 GMT

←Older revision		Revision as of 11:26, 15 August 2017
Line 101:		Line 101:
	== דף עבודה לתלמיד ==		== דף עבודה לתלמיד ==

-	[http://proteopedia.org/wiki/images/c/c1/%D7%93%D7%A3_%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94.doc דף עבודה לתלמיד]	+	[http://proteopedia.org/wiki/images/3/39/%D7%93%D7%A3_%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94_RT.doc דף עבודה לתלמיד]

Nadav Caspi at 20:38, 11 July 2017

Nadav Caspi — Tue, 11 Jul 2017 20:38:59 GMT

←Older revision		Revision as of 20:38, 11 July 2017
Line 92:		Line 92:
	<br>		<br>
	האנזים RT משמש במעבדות רבות בעולם ליצירת מולקולות DNA מתבנית של מולקולות RNA באמצעות במספר שיטות. אחת מהן היא שיטה בשם		האנזים RT משמש במעבדות רבות בעולם ליצירת מולקולות DNA מתבנית של מולקולות RNA באמצעות במספר שיטות. אחת מהן היא שיטה בשם
-	[https://www.youtube.com/watch?v=0MJIbrS4fbQ RT-PCR] . התוצר הוא מולקולת ה-DNA הנקראת complementary DNA או cDNA, והיא יציבה בהרבה ממולקולת ה-RNA שלפיה היא נוצרה. מולקולת ה- cDNA מסייעת למדענים לחקור תהליכים שונים בתא, כמו בקרה על ביטוי גנים, יצירת ספריות DNA למחקר עתידי ואף פיתוח תרופות.	+	[https://www.youtube.com/watch?v=0MJIbrS4fbQ RT-PCR] . התוצר הוא מולקולת ה-DNA הנקראת complementary DNA או cDNA, והיא יציבה בהרבה ממולקולת ה-RNA שלפיה היא נוצרה. מולקולת ה-cDNA מסייעת למדענים לחקור תהליכים שונים בתא, כמו בקרה על ביטוי גנים, יצירת ספריות DNA למחקר עתידי ואף פיתוח תרופות.

Nadav Caspi at 14:28, 9 July 2017

Nadav Caspi — Sun, 09 Jul 2017 14:28:30 GMT

←Older revision		Revision as of 14:28, 9 July 2017
Line 60:		Line 60:
	• אזור מוגדר נוסף בשרשרת A הוא <scene name='76/761652/Hahiboor/2'>החיבור</scene> (ח"א 426-319, מוצגות ככדורים אדומים) – באזור זה מתרחשת האינטראקציה בין שרשרת A (באדום) ושרשרת B (בוורוד). בתוך האזור נמצא רצף המכונה "מוטיב <scene name='76/761652/Trp_repeat/2'>Tryptophan repeats</scene>" בעמדות 414-398 (בכתום), ובו 17 חומצות אמיניות, שש מהן הן		• אזור מוגדר נוסף בשרשרת A הוא <scene name='76/761652/Hahiboor/2'>החיבור</scene> (ח"א 426-319, מוצגות ככדורים אדומים) – באזור זה מתרחשת האינטראקציה בין שרשרת A (באדום) ושרשרת B (בוורוד). בתוך האזור נמצא רצף המכונה "מוטיב <scene name='76/761652/Trp_repeat/2'>Tryptophan repeats</scene>" בעמדות 414-398 (בכתום), ובו 17 חומצות אמיניות, שש מהן הן
	[http://proteopedia.org/wiki/images/7/73/Tryptophan_simple.png טריפטופן]		[http://proteopedia.org/wiki/images/7/73/Tryptophan_simple.png טריפטופן]
-	(החומצה האמינית הנדירה ביותר, בכחול). בניסוי<ref>~~http~~:~~//www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228360201433X~~</ref> שנערך הוחלפה החומצה האמינית טריפטופן שבעמדה 401 באמצעות מוטציה בגן. כאשר הטריפטופן הוחלפה בחומצה האמינית	+	(החומצה האמינית הנדירה ביותר, בכחול). בניסוי<ref>PMID:12559908</ref> שנערך הוחלפה החומצה האמינית טריפטופן שבעמדה 401 באמצעות מוטציה בגן. כאשר הטריפטופן הוחלפה בחומצה האמינית

	[http://proteopedia.org/wiki/images/8/82/%D7%A4%D7%A0%D7%99%D7%9C%D7%90%D7%9C%D7%90%D7%A0%D7%99%D7%9F.jpg פנילאלאנין], הפעילות האנזימטית של RT כמעט ולא הושפעה. אולם כאשר טריפטופן הוחלפה בחומצה האמינית		[http://proteopedia.org/wiki/images/8/82/%D7%A4%D7%A0%D7%99%D7%9C%D7%90%D7%9C%D7%90%D7%A0%D7%99%D7%9F.jpg פנילאלאנין], הפעילות האנזימטית של RT כמעט ולא הושפעה. אולם כאשר טריפטופן הוחלפה בחומצה האמינית

Nadav Caspi at 14:26, 9 July 2017

Nadav Caspi — Sun, 09 Jul 2017 14:26:39 GMT

←Older revision		Revision as of 14:26, 9 July 2017
Line 52:		Line 52:
	<br>		<br>

-	• <scene name='76/761652/Palm/6'>כף היד</scene> (ח"א 117-86 וח"א 236-156, מוצגות ככדורים אדומים) – אזור זה נקרא כך בשל <scene name='76/761652/Fingers_thumb/2'>הצורה המרחבית</scene> שלו: הוא נמצא בין אזור האצבעות ובין אזור האגודל (ר' בהמשך). בתוך אזור זה נמצא האתר הפעיל של האנזים RT, ובו מתבצעת בניית גדיל DNA, הן על בסיס גדיל RNA בפעולה האנזימטית הראשונה והן על בסיס DNA בשלב השלישי. בעמדה 110 ובעמדות 185-186 נמצאת הח"א חומצה אספרטית. <scene name='76/761652/Magnesium_ion_1/3'>שלוש החומצות האספרטיות</scene> (בכחול) קשורות בקשר יוני ליוני מגנזיום הטעונים במטען חשמלי 2+ (בוורוד) ותורמים לייצוב המבנה המרחבי של האתר הפעיל. כאשר פגעו בניסויים בגן המקודד לאנזים RT וגרמו למוטציה בעמדות 110, 186-185, פעילות התעתוק-במהופך של האנזים שקודד מהגן הפגוע ירדה מאוד. בנוסף, הרצף בעמדות 235-227, המכונה <scene name='76/761652/Primer_grip/3'>primer grip</scene> (בכתום), חשוד כי הוא מעורב בייצוב מולקולת ה-DNA הנבנית ובקשירה של נוקלאוטיד נוסף אליה;	+	• <scene name='76/761652/Palm/6'>כף היד</scene> (ח"א 117-86 וח"א 236-156, מוצגות ככדורים אדומים) – אזור זה נקרא כך בשל <scene name='76/761652/Fingers_thumb/2'>הצורה המרחבית</scene> שלו: הוא נמצא בין אזור האצבעות ובין אזור האגודל (ר' בהמשך). בתוך אזור זה נמצא האתר הפעיל של האנזים RT, ובו מתבצעת בניית גדיל DNA, הן על בסיס גדיל RNA בפעולה האנזימטית הראשונה והן על בסיס DNA בשלב השלישי. בעמדה 110 ובעמדות 185-186 נמצאת הח"א חומצה אספרטית. <scene name='76/761652/Magnesium_ion_1/3'>שלוש החומצות האספרטיות</scene> (בכחול) קשורות בקשר יוני ליוני מגנזיום הטעונים במטען חשמלי 2+ (בוורוד) ותורמים לייצוב המבנה המרחבי של האתר הפעיל. כאשר פגעו בניסויים<ref>PMID:8794733</ref> בגן המקודד לאנזים RT וגרמו למוטציה בעמדות 110, 186-185, פעילות התעתוק-במהופך של האנזים שקודד מהגן הפגוע ירדה מאוד. בנוסף, הרצף בעמדות 235-227, המכונה <scene name='76/761652/Primer_grip/3'>primer grip</scene> (בכתום), חשוד כי הוא מעורב בייצוב מולקולת ה-DNA הנבנית ובקשירה של נוקלאוטיד נוסף אליה;
	<br>		<br>
	<br>		<br>

Nadav Caspi at 14:22, 9 July 2017

Nadav Caspi — Sun, 09 Jul 2017 14:22:10 GMT

←Older revision		Revision as of 14:22, 9 July 2017
Line 60:		Line 60:
	• אזור מוגדר נוסף בשרשרת A הוא <scene name='76/761652/Hahiboor/2'>החיבור</scene> (ח"א 426-319, מוצגות ככדורים אדומים) – באזור זה מתרחשת האינטראקציה בין שרשרת A (באדום) ושרשרת B (בוורוד). בתוך האזור נמצא רצף המכונה "מוטיב <scene name='76/761652/Trp_repeat/2'>Tryptophan repeats</scene>" בעמדות 414-398 (בכתום), ובו 17 חומצות אמיניות, שש מהן הן		• אזור מוגדר נוסף בשרשרת A הוא <scene name='76/761652/Hahiboor/2'>החיבור</scene> (ח"א 426-319, מוצגות ככדורים אדומים) – באזור זה מתרחשת האינטראקציה בין שרשרת A (באדום) ושרשרת B (בוורוד). בתוך האזור נמצא רצף המכונה "מוטיב <scene name='76/761652/Trp_repeat/2'>Tryptophan repeats</scene>" בעמדות 414-398 (בכתום), ובו 17 חומצות אמיניות, שש מהן הן
	[http://proteopedia.org/wiki/images/7/73/Tryptophan_simple.png טריפטופן]		[http://proteopedia.org/wiki/images/7/73/Tryptophan_simple.png טריפטופן]
-	(החומצה האמינית הנדירה ביותר, בכחול). בניסוי שנערך הוחלפה החומצה האמינית טריפטופן שבעמדה 401 באמצעות מוטציה בגן. כאשר הטריפטופן הוחלפה בחומצה האמינית	+	(החומצה האמינית הנדירה ביותר, בכחול). בניסוי<ref>http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228360201433X</ref> שנערך הוחלפה החומצה האמינית טריפטופן שבעמדה 401 באמצעות מוטציה בגן. כאשר הטריפטופן הוחלפה בחומצה האמינית

	[http://proteopedia.org/wiki/images/8/82/%D7%A4%D7%A0%D7%99%D7%9C%D7%90%D7%9C%D7%90%D7%A0%D7%99%D7%9F.jpg פנילאלאנין], הפעילות האנזימטית של RT כמעט ולא הושפעה. אולם כאשר טריפטופן הוחלפה בחומצה האמינית		[http://proteopedia.org/wiki/images/8/82/%D7%A4%D7%A0%D7%99%D7%9C%D7%90%D7%9C%D7%90%D7%A0%D7%99%D7%9F.jpg פנילאלאנין], הפעילות האנזימטית של RT כמעט ולא הושפעה. אולם כאשר טריפטופן הוחלפה בחומצה האמינית

Nadav Caspi at 14:15, 9 July 2017

Nadav Caspi — Sun, 09 Jul 2017 14:15:06 GMT

←Older revision		Revision as of 14:15, 9 July 2017
Line 101:		Line 101:
	== דף עבודה לתלמיד ==		== דף עבודה לתלמיד ==

-	[http://proteopedia.org/wiki/~~index.php~~/~~Image:~~%D7%93%D7%A3_%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94.doc דף עבודה לתלמיד]	+	[http://proteopedia.org/wiki/images/c/c1/%D7%93%D7%A3_%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94.doc דף עבודה לתלמיד]

Nadav Caspi at 14:14, 9 July 2017

Nadav Caspi — Sun, 09 Jul 2017 14:14:21 GMT

←Older revision		Revision as of 14:14, 9 July 2017
Line 97:		Line 97:

	</p>		</p>
		+
		+
		+	== דף עבודה לתלמיד ==

	[http://proteopedia.org/wiki/index.php/Image:%D7%93%D7%A3_%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94.doc דף עבודה לתלמיד]		[http://proteopedia.org/wiki/index.php/Image:%D7%93%D7%A3_%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94.doc דף עבודה לתלמיד]

Nadav Caspi at 14:13, 9 July 2017

Nadav Caspi — Sun, 09 Jul 2017 14:13:52 GMT

←Older revision		Revision as of 14:13, 9 July 2017
Line 98:		Line 98:
	</p>		</p>

		+	[http://proteopedia.org/wiki/index.php/Image:%D7%93%D7%A3_%D7%A2%D7%91%D7%95%D7%93%D7%94.doc דף עבודה לתלמיד]

Nadav Caspi at 14:02, 9 July 2017

Nadav Caspi — Sun, 09 Jul 2017 14:02:06 GMT

←Older revision		Revision as of 14:02, 9 July 2017
Line 78:		Line 78:

	<br>		<br>
-	בעת פעולתו, האנזים RT מועד לטעויות. בניסוי<ref>~~PMID~~:1702640</ref> שנערך נמצא כי תדירות המוטציות במולקולת ה-DNA הנוצרת הוא 1 ל-4000-2000.	+	בעת פעולתו, האנזים RT מועד לטעויות. בניסוי<ref>Preston, B., Poiesz, B., & Loeb, L. (1988). Fidelity of HIV-1 Reverse Transcriptase. Science, 242(4882), 1168-1171. Retrieved from http://www.jstor.org/stable/1702640</ref> שנערך נמצא כי תדירות המוטציות במולקולת ה-DNA הנוצרת הוא 1 ל-4000-2000.
	<br>		<br>
	משמעות הדבר היא שמתרחשת מוטציה אחת כל כשלושת אלפים נוקלאוטידים המתרכבים למולקולת ה-DNA הנוצרת. קצב המוטציות הגבוה גורם לכך שהחומר התורשתי של הנגיף משתנה כמעט עם כל הדבקה. עקב כך, מוטציות שמתרחשות במהלך פעולתו של אנזים RT גורמות לשינוי החומר הגנטי של הנגיף. דבר זה מאפשר לנגיף "להתחמק" מן המערכת החיסונית של המאכסן ולפתח עמידות נגד תרופות אנטי-ויראליות, ולכן פיתוח תרופות נגד הנגיף נתקל בקשיים רבים.		משמעות הדבר היא שמתרחשת מוטציה אחת כל כשלושת אלפים נוקלאוטידים המתרכבים למולקולת ה-DNA הנוצרת. קצב המוטציות הגבוה גורם לכך שהחומר התורשתי של הנגיף משתנה כמעט עם כל הדבקה. עקב כך, מוטציות שמתרחשות במהלך פעולתו של אנזים RT גורמות לשינוי החומר הגנטי של הנגיף. דבר זה מאפשר לנגיף "להתחמק" מן המערכת החיסונית של המאכסן ולפתח עמידות נגד תרופות אנטי-ויראליות, ולכן פיתוח תרופות נגד הנגיף נתקל בקשיים רבים.

Nadav Caspi at 14:01, 9 July 2017

Nadav Caspi — Sun, 09 Jul 2017 14:01:15 GMT

←Older revision		Revision as of 14:01, 9 July 2017
Line 27:		Line 27:
	הקהילה המדעית התקשתה תחילה לקבל את הרעיון של תעתוק במהופך שכן הוא חורג מהדוֹגמה המרכזית של הביולוגיה המולקולרית, לפיה קיים כיוון אחד של העברת מידע בתאים: DNA מתועתק למולקולת RNA, ומולקולת ה-RNA מתורגמת לחלבון.		הקהילה המדעית התקשתה תחילה לקבל את הרעיון של תעתוק במהופך שכן הוא חורג מהדוֹגמה המרכזית של הביולוגיה המולקולרית, לפיה קיים כיוון אחד של העברת מידע בתאים: DNA מתועתק למולקולת RNA, ומולקולת ה-RNA מתורגמת לחלבון.
	<br>		<br>
-	[[Image:דוגמה מרכזית.jpg]]	+	[[Image:דוגמה מרכזית.jpg]] <ref>http://ib.bioninja.com.au/standard-level/topic-2-molecular-biology/27-dna-replication-transcri/central-dogma.html</ref>
	<br>		<br>
	אופן העברת המידע לפי הדוגמה המרכזית נצפה באורגניזמים שונים ובתנאים שונים, ולכן נתפס עד אז כבלעדי בעולם החי. אולם לאור ההוכחות שהציגו טמין ובולטימור, והעובדה שהוכחות אלה היו בלתי תלויות זו בזו ונצפו במקביל במקומות שונים בעולם, הקהילה המדעית הכירה בקיומו של תעתוק במהופך בעולם החי.		אופן העברת המידע לפי הדוגמה המרכזית נצפה באורגניזמים שונים ובתנאים שונים, ולכן נתפס עד אז כבלעדי בעולם החי. אולם לאור ההוכחות שהציגו טמין ובולטימור, והעובדה שהוכחות אלה היו בלתי תלויות זו בזו ונצפו במקביל במקומות שונים בעולם, הקהילה המדעית הכירה בקיומו של תעתוק במהופך בעולם החי.
Line 102:		Line 102:

	== מקורות מידע ==		== מקורות מידע ==
-	~~1. Preston, B., Poiesz, B., & Loeb, L. (1988). Fidelity of HIV-1 Reverse Transcriptase. Science, 242(4882), 1168-1171. Retrieved from http://www.jstor.org/stable/1702640~~	+
-	~~<br>~~	+
-	~~2. http://ib.bioninja.com.au/standard-level/topic-2-molecular-biology/27-dna-replication-transcri/central-dogma.html (Downloaded on 6.7.2017)~~	+
	<references/>		<references/>
	[[Category:Topic Page]]		[[Category:Topic Page]]