User:Alejandro Porto/Sandbox 3
From Proteopedia
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==Área de pruebas== | ==Área de pruebas== | ||
| - | ===Enzimas: complejo enzima-sustrato=== | ||
| - | <Structure load='4ald' size='800' frame='true' align='right' caption='Fructosa-bifosfato aldolasa' scene='60/603296/F2pa/4' /> | ||
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| - | :::<big><big>Utilizando modelos moleculares 3D vamos a realizar una aproximación a la relación espacial entre los enzimas y sus respectivos sustratos. Utilizaremos como ejemplo el enzima ''fructosa-bifosfato aldolasa'', un enzima de la secuencia glucolítica que cataliza la escisión de la ''fructosa-1,6-bifosfato'' (su sustrato) para dar lugar a una molécula de ''gliceraldehido-3-fosfato'' y otra de ''dihidroxiacetona-fosfato''. En la ventana de la derecha podemos apreciar, por medio de un <scene name='60/603296/F2pa/4'>modelo de cintas</scene>, las estructuras secundarias predominantes en la molécula de la ''fructosa-bifosfato aldolasa''. | ||
| - | :::En el modelo de <scene name='60/603296/F2pa/3'>malla de alambre</scene>, en el que se representa tanto el esqueleto de la cadena polipeptídica como las cadenas laterales de los residuos de aminoácidos, se aprecia la gran complejidad de esta molécula enzimática formada por <scene name='60/603296/F2pa/17'>363 aminoácidos</scene>. | ||
| - | :::Procedamos ahora a <scene name='60/603296/F2pa/5'>atenuar</scene> el conjunto de la cadena polipeptídica para centrar nuestra atención en el <scene name='60/603296/F2pa/6'>centro activo</scene> del enzima, una cavidad rodeada de <scene name='60/603296/F2pa/7'>9 residuos</scene> en la que encaja el <scene name='60/603296/F2pa/9'>sustrato</scene>, en este caso la molécula de ''fructosa-1,6-bifosfato''. | ||
| - | :::Con el objeto de visualizar mejor el <scene name='60/603296/F2pa/10'>acoplamiento espacial</scene> entre e centro activo y la molécula de sustrato se representan ahora los aminoácidos del centro activo y la molécula de sustrato con sus átomos ampliados hasta su radio de Van der Waals. A continuación, nos alejamos para poder apreciar una vista general del <scene name='60/603296/F2pa/11'>complejo enzima-sustrato</scene>. | ||
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| - | :::Todos los modelos que hemos analizado corresponden a una única <scene name='60/603296/F2pa/15'>subunidad</scene> de la ''fructosa-bifosfato aldolasa'', que es en realidad una proteína oligomérica formada por cuatro subunidades que conforman un <scene name='60/603296/F2pa/16'>tetrámero</scene>. | ||
