Lectura y visualización básicas

• Lee el texto (si necesitas un tamaño de texto mayor, cámbialo en el navegador pulsando las teclas Control y Más (+)) y avanza usando la barra de desplazamiento a la derecha de la pantalla.
• Pulsa en los : Mientras vas leyendo, si encuentras un y pulsas sobre él se mostrará una imagen nueva en el panel 3D integrado con el texto. A veces el panel 3D no está visible en la pantalla y es preciso desplazarse arriba o abajo para verlo. Si quieres visitar enlaces normales, conviene que pulses con el botón derecho para que se abran en otra ventana o pestaña del navegador y así no perder la página de Proteopedia.
• Observa las imágenes 3D: el texto debería explicar lo que muestran. ¿Es una vista general o la ampliación de un detalle? ¿Sabes lo que representa cada color? ¿Hay alguna etiqueta? En las secciones siguientes se explican formas de aprender más sobre la estructura que se muestra. Si encuentras la imagen demasiado pequeña, puedes aumentarla pulsando en el botón [🔍+] situado bajo el panel 3D (esto estrechará la zona del texto) o bien abrir una ventana nueva pulsando el botón "popup" situado también bajo el panel 3D. Ten en cuenta que esta vista ampliada en ventana nueva no se actualizará automáticamente cuando pulses en un nuevo enlace verde en la página.
• Usa el ratón para girar la imagen 3D: Para apreciar realmente la naturaleza tridimensional de las proteínas y otras moléculas deberías arrastrar el puntero del ratón para cambiar el ángulo de visión. Imagina que cuando arrastras con el ratón es como si agarrases los átomos del frente y los desplazases, mientras se mantiene fijo el centro de la molécula. ¡Inténtalo! Tras girar la molécula ¿puedes ver algo que antes estaba oculto? ¿Hace esto más fácil visualizar la forma tridimensional según vas moviendo la molécula?

Más uso del ratón

• Identifica los átomos: Asegúrate de que el modelo molecular no esté girando (se puede desactivar el giro en el panel 3D pulsando en el botón ± spin situado bajo él). Entonces, cuando coloques durante unos segundos el puntero del ratón sobre un átomo aparecerá un pequeño texto. ¡Inténtalo! Un ejemplo de tal texto que ilustra su formato es: [ALA]23:A.CA #252. Esto indica que el átomo al que hemos apuntado forma parte de una alanina (ALA) cuyo número de residuo es 23, en la cadena A. El átomo es un carbono alfa (CA) y tiene un número de serie (nº de orden) 252 en el archivo de coordenadas.
• Pulsa la tecla de mayúsculas: Cuando se mantiene pulsada mayúsculas mientras se arrastra el puntero, éste cambia de aspecto y se comporta de modo diferente. Al arrastrar hacia arriba o abajo se cambiará la ampliación con que se ve la estructura; al arrastrar a derecha o izquierda se girará la molécula alrededor del eje Z (perpendicular a la pantalla). Inténtalo. Puedes también cambiar la ampliación con la rueda del ratón o, si tu pantalla es táctil, con el gesto habitual de pellizcar con los dedos. Para desplazar la molécula, pulsa la tecla Control y arrastra con el botón derecho del ratón, o bien pulsa mayúsculas, haz doble clic y arrastra en el 2º clic. Si tu pantalla es táctil puedes desplazar usando dos dedos. ¡Inténtalo! Tras moverla, la molécula seguirá girando alrededor del centro de rotación previo. (Más abajo discutiremos cómo cambiar el centro de rotación usando el menú).
• Comienza de nuevo: En ocasiones, tras cambiar la escala o girar la estructura se pierde de vista la molécula, o te pierdes. Para regresar a la vista original, pulsa de nuevo el enlace verde.
• Mediciones: Para medir distancias, ángulos o ángulos de torsión (diedros) debes comenzar haciendo doble clic en el primer átomo. Para medir una distancia, haz doble clic en el segundo átomo y se mostrará el valor. Si repites el proceso sobre los mismos átomos se borra la medición. Para medir un ángulo entre enlaces, pulsa sucesivamente sobre los 3 átomos implicados, con doble clic, clic sencillo y doble clic, respectivamente. Para medir un ángulo de torsión o diedro, pulsa sucesivamente sobre los 4 átomos implicados, con doble clic, clic sencillo, clic sencillo y doble clic, respectivamente. Si te equivocas de átomo a mitad del proceso, puedes cancelar haciendo clic en un espacio vacío (fuera de los átomos). ¡Prueba!

Uso del menú de Jmol

El menú es bastante extenso, pero aquí sólo hablaremos de una parte. Para abrir el menú, pulsa Control a la vez que haces clic con el puntero dentro del panel de Jmol, o bien pulsa con el botón derecho.

• Selección de partes: El submenú Seleccionar tiene muchas opciones para seleccionar diversas partes de la molécula. El número entre paréntesis tras la palabra "seleccionar" informa de cuántos átomos están seleccionados en cada momento. Antes de que empieces a jugar con el menú, marca la casilla Halos de selección. Eso hará que los átomos seleccionados estén rodeados por círculos amarillos. Prueba Seleccionar->Proteína->por nombre de residuo->Ala para seleccionar todos los átomos de residuos de alanina. (Observa las agrupaciones de halos, en los residuos de alanina). Luego intenta alguna otra opción, como seleccionar todos los átomos de azufre de la estructura. Cada nueva selección cancela la anterior.
• Cambio de representación: El submenú Estilo permite cambiar la representación de los átomos que estén seleccionados. Prueba a seleccionar primero todos los residuos de alanina y mostrarlos como bolas y varillas, pulsando en Estilo->Patrón->Bolas y varillas. El submenú color te permite elegir colores para los átomos seleccionados selected (así como para el resto de objetos dibujados asociados a los átomos, como la representación esquemática de la estructura secundaria). Intenta colorear las alaninas con Color->Átomos->Violeta.
• Centrar de nuevo: Si quieres explorar en detalle una parte de la estructura, es conveniente cmabiar el centro de rotación. Utiliza Átomo elegido->Centrar y luego pulsa sobre un átomo de la zona de interés. Ahora ese átomo será el nuevo centro de rotación (es decir, no se moverá cuando gires la molécula) y no se saldrá de la escena for mucho que amplíes la escala. ¡Pruébalo!
• Añadir etiquetas: Para añadir una etiqueta que indique el nombre y número del residuo, usa Átomo elegido->Etiquetar. Al pulsar sobre cualquier átomo se añadirá junto a él una etiqueta; si pulsas por segunda vez desaparecerá. Una vez hayas terminado con estas acciones, puede interesar que desactives las opciones de átomo elegido con Átomo elegido->No (que es el estado predeterminado). Si no, estarás añadiendo etiquetas cada vez que pulses sobre un átomo.

Uso de la consola

The console is a way to pass any command to Jmol. As a casual user of Jmol, you only need to know a handful of commands not available through the menu. If you become a frequent user of Jmol, you might stop using the menu and type commands instead once you are familiar with them. To open the console, use the menu item "Console". Try it.

• Finding a residue: If you want to find a specific residue in a structure and you know the residue number, say residue 72, type "center 72" in the console. You can also select it by typing "select 72", and then change how it is represented in the 3D figure by using the menu.
• Selecting multiple parts of the molecule: When using the menu to select, each new selection command cancels the old one. Using the console, you can type something like "selected selected or 33" to add residue 33 to your selection. You can also select multiple parts of the structure in a single command like "select (42, 67, 82) and sidechain and _C", which would select all carbon atoms in the side chain of residues 42, 67 and 82. You can learn common selection command in this tutorial. The complete set of selection commands is explained in the Jmol manual.
• Showing hydrogen bond: Select the entire structure or parts you are interested in (e.g. "select backbone and helix"), then type "hbonds calculate" in the console. This will calculate possible hydrogen bonds and display them.
• Increasing the size of labels shown when hovering: When giving a presentation and projecting a page, the "hover labels" are sometimes too small and too complicated to be appreciated by the viewers. A command like

hover "%n%R %a"; font hover 30

will help.