User:Cristiane Custodio Ross Matheus/Sandbox 1

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==Structural features==
==Structural features==
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The resulting model 2pex shows the biologically relevant dimer of the protein. Each subunit of the dimer is composed of six α-helices and 3 β-strands, as indicated below (left). The specific residues corresponding to these regions of secondary structure are as follows: α1 (residues 21–39), α2 (residues 47–58), β1(residues 62–63), α3 (residues 64–71), α4 (residues 75–87), β2 (residues 91–94), β3 (residues 104–107), α5 (residues 109–129), α6 (residues 133–151), and three-ten helices 1a (residues 13–15) and 1b (residues 17–19). The longest α-helix, α5, has a notable kink at residue G119. The dimerization interface is largely formed by three-ten helices (1a, 1b) and α1, α5, and α6 from each subunit. The extensive dimerization domain buries 5391Ų.
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Ohr apresenta características estruturais e bioquímicas distintas quando comparada a peroxidases baseadas em Cys de mamíferos. Essa proteína apresenta estrutura semelhante à de um barril formada por um homodímero firmemente dobrado, no qual duas folhas β, de seis fitas, envolvem duas α-hélices centrais. Há dois locais ativos na enzima que se encontram localizados na interface do dímero em lados opostos da proteína. A arquitetura do sítio catalítico de Ohr é composta por duas cisteínas, a peroxidática e a de resolução. A Cisteína peroxidática, localizada em uma das α-hélices centrais, tem por função a reação direta com hidroperóxidos, formando um ácido sulfênico. Este por sua vez se condensa com a Cisteína de resolução para formar uma ligação dissulfeto intramolecular. Além dos dois aminoácidos de Cys há também a presença de uma Arginina catalítica e um Glutamato que tem extrema importância na atividade da enzima Ohr, uma vez que ajudam a estabilizar a Cys em seu estado de tiolato através de interações polares, aumentando sua nucleofilicidade. O grupo carboxílico do glutamato catalítico orienta o grupo guanidínio da Arginina em direção a Cisteína, em uma configuração que parece ser ideal para a redução de hidroperóxidos orgânicos. Esse processo de estabilização descrito é o chamado estado fechado da tríade catalítica. No estado aberto ocorre o rompimento das interações e consequente mudança conformacional que acaba expondo o resíduo ao solvente, sendo esse último estado o mais propício para a redução da Ohr
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Revision as of 11:42, 7 December 2021

Organic Hydroperoxide Resistance Protein (PDB code 1ZB9).

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