Sandbox Reserved 604

From Proteopedia

(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
Current revision (20:09, 11 July 2012) (edit) (undo)
 
(7 intermediate revisions not shown.)
Line 4: Line 4:
<StructureSection load='1v04' size='400' side='right' caption='PON1 - looking down 6-bladed propellers, Ca+2 and 2HQ' scene='Journal:JMB:2/Opening/4'>
<StructureSection load='1v04' size='400' side='right' caption='PON1 - looking down 6-bladed propellers, Ca+2 and 2HQ' scene='Journal:JMB:2/Opening/4'>
- 
-
While , as expected, there are some key differences. The side-chain of V346 within the active site pocket is <scene name='Journal:JMB:2/Scene_4_2/1'>rotated relative to the pH 4.5 structure</scene>, and the side-chains of F347 and H348 in the active site's 'second shell' <scene name='Journal:JMB:2/Scene_5_2/1'>adopted completely different rotamers</scene>.
 
-
We experimentally solved two critical new PON1 structures. Previously solved in <scene name='Journal:JMB:2/Scene_1_2/3'>non-physiological conditions of pH 4.5</scene>, we have solved PON1 in <scene name='Journal:JMB:2/Scene_2_2/2'>physiological conditions of pH 6.5</scene>. While <scene name='Journal:JMB:2/Scene_3_2/1'>generally similar</scene>, as expected, there are some key differences. The side-chain of V346 within the active site pocket is <scene name='Journal:JMB:2/Scene_4_2/1'>rotated relative to the pH 4.5 structure</scene>, and the side-chains of F347 and H348 in the active site's 'second shell' <scene name='Journal:JMB:2/Scene_5_2/1'>adopted completely different rotamers</scene>.
 
- 
- 
=<p dir='rtl'>השפעת שינוי חומציות הסביבה על מבנה תלת מימדי של חלבון</p>=
=<p dir='rtl'>השפעת שינוי חומציות הסביבה על מבנה תלת מימדי של חלבון</p>=
 +
----
==<p dir='rtl'>הקדמה</p>==
==<p dir='rtl'>הקדמה</p>==
<p dir='rtl'>
<p dir='rtl'>
Line 18: Line 14:
אם [http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A9%D7%9C%D7%99%D7%A9%D7%95%D7%A0%D7%99 מבנה השלישוני] נפגע, מולקולת החלבון עוברת תהליך הנקראה [http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94 דנטורציה] - תהליך בו מתרחש שינוי במבנה המרחבי של המולקולה והחלבון מאבד את פעילותו.
אם [http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94_%D7%A9%D7%9C%D7%99%D7%A9%D7%95%D7%A0%D7%99 מבנה השלישוני] נפגע, מולקולת החלבון עוברת תהליך הנקראה [http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%93%D7%A0%D7%98%D7%95%D7%A8%D7%A6%D7%99%D7%94 דנטורציה] - תהליך בו מתרחש שינוי במבנה המרחבי של המולקולה והחלבון מאבד את פעילותו.
</p>
</p>
-
<scene name='Journal:JMB:2/Scene_3_2/1'>מבנים דומים</scene>
 
==<p dir='rtl'>הגורמים המשפיעים</p>==
==<p dir='rtl'>הגורמים המשפיעים</p>==
<p dir='rtl'>
<p dir='rtl'>
Line 24: Line 19:
, pH , ריכוז אנזים, ריכוז, מצע ונוכחות של חומרים שונים המגבירים או מעכבים את פעילות החלבון.
, pH , ריכוז אנזים, ריכוז, מצע ונוכחות של חומרים שונים המגבירים או מעכבים את פעילות החלבון.
</p>
</p>
-
==<p dir='rtl'>השפעת שינוי pH</p>==
+
===<p dir='rtl'>השפעת שינוי pH</p>===
<p dir='rtl'>
<p dir='rtl'>
שינוי ב-pH מובילים לשינויים במטען החומצה האמינית בחלבון. שינויים כאלה בחומצות הממוקמות באתר הפעל יוביל לאיבוד הפעילות האנזימטית.
שינוי ב-pH מובילים לשינויים במטען החומצה האמינית בחלבון. שינויים כאלה בחומצות הממוקמות באתר הפעל יוביל לאיבוד הפעילות האנזימטית.
Line 50: Line 45:
</p>
</p>
<p dir='rtl'>
<p dir='rtl'>
-
במסגרת המחקר על חלבוני PON1 נמצאו שני מבנים עבור החלבון , האחד ב pH=4.5 , לא פיזיולוגי, והמבנה השני ב pH=6.5 , שהוא pH פיזיולוגי . לשני המבנים צורה מרחבית דומה מאוד, אך ישנם שינויים מבניים. לאחר קריסטלוגרפיה של מבנה החלבון ב pH פיזיולוגי, 6.5, נמצא שהקבוצה הצדדית , V346 (ואלין במום 346 ברצף) ''מסובבת יחסית למבנה ב pH=4.5'', קבוצות הצד של חומצות האמינו F347 (פניל אלנין 347 ברצף) ושל H348 (היסטדין 348 ברצף), נמצאים בזווית אחרת במרחב, יחסית למבנה ב pH=4.5 .
+
במסגרת המחקר על חלבוני PON1 נמצאו שני מבנים עבור החלבון , האחד <scene name='Journal:JMB:2/Scene_1_2/3'> ב pH=4.5 , </scene> סביבה לא פיזיולוגית, והמבנה השני <scene name='Journal:JMB:2/Scene_2_2/2'> ב pH=6.5 , </scene> שהוא pH פיזיולוגי. לשני המבנים צורה מרחבית דומה מאוד, אך ישנם <scene name='Journal:JMB:2/Scene_3_2/1'> שינויים מבניים </scene>. לאחר קריסטלוגרפיה של מבנה החלבון ב pH פיזיולוגי, 6.5, נמצא שהקבוצה הצדדית , V346 (ואלין במקום 346 ברצף) <scene name='Journal:JMB:2/Scene_4_2/1'>מסובבת יחסית למבנה ב pH=4.5</scene>, קבוצות הצד של חומצות האמינו F347 (פניל אלנין במקום 347 ברצף) ושל H348 (היסטדין במקום 348 ברצף), נמצאים בזווית אחרת במרחב, יחסית למבנה ב pH=4.5 .
 +
ב pH=6.5 נוצרת לולאה בצד החלבון שבולטת החוצה, לולאה זו איננה קיימת ב pH=4.5 . כמו כן קצה השרשרת משתנה בשני המבנים.
</p>
</p>
<p dir='rtl'>
<p dir='rtl'>
Line 68: Line 64:
</p>
</p>
-
=<p dir='rtl'>רשימת מקורות וקישורים</p>=
+
==<p dir='rtl'>רשימת מקורות וקישורים</p>==
<p dir='rtl'>
<p dir='rtl'>
1) ד"ר מירי ברק, אלישבע גבע, רולי אינטרטור, 2008, ביוכימיה הכימיה של חלבונים וחומצות גרעין</p>
1) ד"ר מירי ברק, אלישבע גבע, רולי אינטרטור, 2008, ביוכימיה הכימיה של חלבונים וחומצות גרעין</p>

Current revision

This Sandbox is Reserved from 24/06/12, through 30/09/12 for use in the course "Advanced course in Biochemistry and Proteopedia" taught by Yael Shwartz and Yamit Sharaabi-Naor at the Weizmann Institute of Science. This reservation includes Sandbox Reserved 601 through Sandbox Reserved 635.
To get started:
  • Click the edit this page tab at the top. Save the page after each step, then edit it again.
  • Click the 3D button (when editing, above the wikitext box) to insert Jmol.
  • show the Scene authoring tools, create a molecular scene, and save it. Copy the green link into the page.
  • Add a description of your scene. Use the buttons above the wikitext box for bold, italics, links, headlines, etc.

More help: Help:Editing

PON1 - looking down 6-bladed propellers, Ca+2 and 2HQ

Drag the structure with the mouse to rotate
Retrieved from "http://52.214.119.220/wiki/index.php/Sandbox_Reserved_604"
Personal tools