Sandbox MosheRiven
From Proteopedia
(Difference between revisions)
| (5 intermediate revisions not shown.) | |||
| Line 6: | Line 6: | ||
'''1. הקדמה''': | '''1. הקדמה''': | ||
| - | <scene name='Sandbox_MosheRiven/One_ovalbumin/ | + | <scene name='Sandbox_MosheRiven/One_ovalbumin/3'>אובלבומין</scene> הינו החלבון העיקרי המצוי בביצה (מהווה 60-65% מכלל חלבוני הביצה). חלבון זה שייך למשפחת ה[http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=53 סרפינים], המונה מעל 1000 חלבונים, אך בניגוד ליתר חברי המשפחה חסר את תכונת העיכוב. בשל זמינותו בכמויות גדולות הוא שימושי מאוד בחקר חלבונים. מלבד זאת הוא משמש כסמן משקל-מולקולרי לכיול הפרדת חלבונים בג'לים אלקטרופורזה. אובלבומין הינו כלאטור של מתכות כבדות, ולכן משמש בטיפול במיקרים החשודים כהרעלת מתכות. |
תיפקודו של האובלבומין אינו ידוע, אך סוברים שהוא חלבון שימור ([http://www.chemistryexplained.com/St-Te/Storage-Protein.html Storage protein]) עקב כמויותיו הגדולות כחלבון עוברי. | תיפקודו של האובלבומין אינו ידוע, אך סוברים שהוא חלבון שימור ([http://www.chemistryexplained.com/St-Te/Storage-Protein.html Storage protein]) עקב כמויותיו הגדולות כחלבון עוברי. | ||
| Line 14: | Line 14: | ||
'''2. למרות מחקר נרחב על החלבון, תפקודו נשאר בלתי פתור. כיצד אנו יכולים ללמוד על תפקוד החלבון ממבנהו?''' | '''2. למרות מחקר נרחב על החלבון, תפקודו נשאר בלתי פתור. כיצד אנו יכולים ללמוד על תפקוד החלבון ממבנהו?''' | ||
| - | אובלבומין הינו חלבון ממשפחת הסרפינים, אשר חולקים מבנה שלישוני דומה (30% הומולוגיה). חברי משפחה זו הינם חלבונים מסוג מעכבי פרוטאזות הנקשרים לחלבונים אחרים ומעכבים את פעילותם, כגון מעכבי סרין או ציסטאין פרוטאזות, מעכבי שפרונים, או מעכבי טרנספורטים של הורמונים. חלק מחלבוני המשפחה מתפקדים כחלבוני שימור (storage). עד היום, תפקיד האובלבומין אינו ידוע ורווחת הדעה שהוא משמש כחלבון שימור. רב חברי משפחת הסרפינים מורכבים ממבני אלפא-הליקס ומשטחי- | + | אובלבומין הינו חלבון ממשפחת הסרפינים, אשר חולקים מבנה שלישוני דומה (30% הומולוגיה). חברי משפחה זו הינם חלבונים מסוג מעכבי פרוטאזות הנקשרים לחלבונים אחרים ומעכבים את פעילותם, כגון מעכבי סרין או ציסטאין פרוטאזות, מעכבי שפרונים, או מעכבי טרנספורטים של הורמונים. חלק מחלבוני המשפחה מתפקדים כחלבוני שימור (storage). עד היום, תפקיד האובלבומין אינו ידוע ורווחת הדעה שהוא משמש כחלבון שימור. רב חברי משפחת הסרפינים מורכבים ממבני אלפא-הליקס ומשטחי-ביתא ומלופ-מרכזי (<scene name='Sandbox_MosheRiven/Rcl/2'>RCL: reactive center loop</scene>), החיוני לתפקודו של החלבון. |
| - | (RCL: reactive center loop), החיוני לתפקודו של החלבון. | + | |
---- | ---- | ||
| Line 21: | Line 20: | ||
'''3. מבנה החלבון:''' | '''3. מבנה החלבון:''' | ||
| - | אובלבומין הוא חלבון המורכב מ - 385 <scene name='Sandbox_MosheRiven/Amino_acids/2'>חומצות אמינו</scene> ומסה של 45 קילו דלתון. לחלבון ארבעה דומיינים כאשר דומיינים A, B ו – C מכילים גם מיבני אלפא-הליקס וגם משטחי | + | אובלבומין הוא חלבון המורכב מ - 385 <scene name='Sandbox_MosheRiven/Amino_acids/2'>חומצות אמינו</scene> ומסה של 45 קילו דלתון. לחלבון ארבעה דומיינים כאשר דומיינים A, B ו – C מכילים גם מיבני אלפא-הליקס וגם משטחי ביתא. <scene name='Sandbox_MosheRiven/Domain_d/1'>דומיין D</scene> הוא קטן יותר ומכיל בעיקר אלפא-הליקס, ונקרא הלופ החשוף של אובלבומין. [[image:4 domains of ovalbumin1.jpg|center|thumb|450px|ארבעת הדומיינים של האובלבומין. דומיין D קצר יותר ומורכב מעיקר ממבני אלפא הליקס]] |
| - | לאחר שלב התרגום אובלבומין עובר שינויים ברצף שלו וכן נוספות לו תוספות כימיות המכונות באופן כללי מודיפיקציות פוסט-תירגומיות: 1) לאחר הסרת המתיונין הראשוני מתווספת קבוצת אצטיל (CH4) לקצה ה-N טרמינלי החדש. 2) פוספורילציה של שני שיירי סרין (69 ו-345). 3) אתר גליקוזילציה על חומצה אספרטית 293 שמקבל את השייר הסוכרי N-acetyl-D-glucosamine. | + | לאחר שלב התרגום אובלבומין עובר שינויים ברצף שלו וכן נוספות לו תוספות כימיות המכונות באופן כללי מודיפיקציות פוסט-תירגומיות: 1) לאחר הסרת המתיונין הראשוני מתווספת קבוצת אצטיל (CH4) לקצה ה-N טרמינלי <scene name='Sandbox_MosheRiven/Gly2/1'>החדש</scene>. 2) פוספורילציה של שני שיירי סרין (69 ו-345). 3) אתר גליקוזילציה על <scene name='Sandbox_MosheRiven/Asp293/2'>חומצה אספרטית 293</scene> שמקבל את השייר הסוכרי N-acetyl-D-glucosamine. |
| - | האובלבומין מכיל שישה ציסטאינים, ששנים מהם (74 ו-121) יוצרים גשר די | + | האובלבומין מכיל שישה ציסטאינים, ששנים מהם (74 ו-121) יוצרים גשר <scene name='Sandbox_MosheRiven/Disolfide_bonds/2'>גשר די סולפידי</scene>. |
כמו כן, החלבון קושר יון סידן ע"י שני השיירים סרין 345 וחומצה גלוטאמית 192. | כמו כן, החלבון קושר יון סידן ע"י שני השיירים סרין 345 וחומצה גלוטאמית 192. | ||
אובלבומין מיוחד בזה שהוא מכיל את כל חומצות האמינו הקיימות, ולכן יכול לשמש כחלבון שימור, שפירוקו מספק את כלל חומצות האמינו הדרושות להתפתחות עוברית. | אובלבומין מיוחד בזה שהוא מכיל את כל חומצות האמינו הקיימות, ולכן יכול לשמש כחלבון שימור, שפירוקו מספק את כלל חומצות האמינו הדרושות להתפתחות עוברית. | ||
| - | '''4. | + | '''4. גרף רמצ'נדראן ''' |
| + | |||
| + | [[image:1ova Ramachandran.jpg|center|450px|רמצ'אנדראן]] | ||
| + | |||
| + | ניתן לראות שהחלבון מורכב ממבני אלפא הליקס ומשטחי ביתא, קיימים מספר הליקסים שמאליים. מספר חומצות אמינו ממוקמות באיזורים ה"אסורים" והן כנראה בונות איזורי קיפול. | ||
| + | מעניין שהלופ המרכזי ממוקם באיזור של אלפא הליקס. | ||
| + | |||
| + | ---- | ||
| + | |||
'''5. תיאור הפעילות של החלבון :''' | '''5. תיאור הפעילות של החלבון :''' | ||
| Line 33: | Line 40: | ||
הומולוגיית מבנה עם חלבונים אחרים יכולה לרמז על תיפקוד אפשרי לאובלבומין. לאובלבומין הומולוגיית מבנה של 30% לסרפינים. | הומולוגיית מבנה עם חלבונים אחרים יכולה לרמז על תיפקוד אפשרי לאובלבומין. לאובלבומין הומולוגיית מבנה של 30% לסרפינים. | ||
| - | [[image:antitripsin vs ovalbomin and rcl.jpg|center|thumb|450px|דמיון מבני מהותי בין אובלבומין לאנטיטריפסין]] | + | [[image:antitripsin vs ovalbomin and rcl.jpg|center|thumb|450px|דמיון מבני מהותי בין אובלבומין (מימין) לאנטיטריפסין]] |
| - | לרוב חברי הסרפינים קיים לופ מרכזי | + | לרוב חברי הסרפינים קיים לופ מרכזי האחראי ליצירת שינויים מבניים גדולים במבנה החלבון, ולכן חיוני לתפקודו. <scene name='Sandbox_MosheRiven/Rcl/2'>באובלבומין הלופ המרכזי (RCL)</scene> בנוי משיירים 350-360, היוצרים מבנה של הליקס, בעוד אצל שאר חברי הסרפינים מרכז זה הינו לופ ויתכן שאף הליקס. |
| - | בעוד שבסרפינים אחרים הלופ המרכזי יכול להכנס בין גדילי | + | בעוד שבסרפינים אחרים הלופ המרכזי יכול להכנס בין גדילי הבתא של דומיין A באותו חלבון או בחלבונים אחרים (לדוגמא החלבון אנטי-טריפסין ממשפחת הסרפינים, שמאמץ מספר מצבים בהתאם למיקום הלופ המרכזי), הלופ המרכזי באובלבומין אינו עובר את השינוי המבני הזה. |
[[image:Several formations of serpins and RCL position.jpg|center|450px|]] | [[image:Several formations of serpins and RCL position.jpg|center|450px|]] | ||
| - | מתוך ידיעת מיבני הסרפינים היכולים להחדיר את הלופ המרכזי בין גדילי | + | מתוך ידיעת מיבני הסרפינים היכולים להחדיר את הלופ המרכזי בין גדילי הביתא, נמצא כי לחומצה אמינית הראשונה שחודרת אל בין גדילי הביתא, תפקיד מכריע בייצוב במבנה החדש. באובלבומין חומצה אמינית זו היא ארגינין. קיימת הסברה כי בשל היותה חומצה אמינית טעונה, היא הופכת את הלופ לפחות יציב מבחינה תרמו דינמית, ולכן אינו יכול להיות מוחדר בין גדילי הביתא. |
---- | ---- | ||
'''סיכום :''' | '''סיכום :''' | ||
| - | הימצאותו בטבע בכמויות גדולות מחד, וחוסר הידע לגבי פעילותו מאידך מציבים את האובלבומין כחלבון מאתגר מבחינה מחקרית. העובדה שיש לו הומולוגיה משמעותית למשפחת הסרפינים, ובכל זאת אינו נושא את תכונת עיכוב פרוטאזות של בני המשפחה וכן היכולת שלו לשאת מולקולות סוכר ומים הובילה את החוקרים להנחה כי החלבון מספק נוטריינטים ואנרגיה לעובר הגדל. | + | הימצאותו בטבע בכמויות גדולות מחד, וחוסר הידע לגבי פעילותו מאידך מציבים את <scene name='Sandbox_MosheRiven/One_ovalbumin/3'>האובלבומין</scene> כחלבון מאתגר מבחינה מחקרית. העובדה שיש לו הומולוגיה משמעותית למשפחת הסרפינים, ובכל זאת אינו נושא את תכונת עיכוב פרוטאזות של בני המשפחה וכן היכולת שלו לשאת מולקולות סוכר ומים הובילה את החוקרים להנחה כי החלבון מספק נוטריינטים ואנרגיה לעובר הגדל. |
---- | ---- | ||
Current revision
האובלבומין
| |||||||||||
