Sandbox MosheRiven
From Proteopedia
(Difference between revisions)
| (One intermediate revision not shown.) | |||
| Line 14: | Line 14: | ||
'''2. למרות מחקר נרחב על החלבון, תפקודו נשאר בלתי פתור. כיצד אנו יכולים ללמוד על תפקוד החלבון ממבנהו?''' | '''2. למרות מחקר נרחב על החלבון, תפקודו נשאר בלתי פתור. כיצד אנו יכולים ללמוד על תפקוד החלבון ממבנהו?''' | ||
| - | אובלבומין הינו חלבון ממשפחת הסרפינים, אשר חולקים מבנה שלישוני דומה (30% הומולוגיה). חברי משפחה זו הינם חלבונים מסוג מעכבי פרוטאזות הנקשרים לחלבונים אחרים ומעכבים את פעילותם, כגון מעכבי סרין או ציסטאין פרוטאזות, מעכבי שפרונים, או מעכבי טרנספורטים של הורמונים. חלק מחלבוני המשפחה מתפקדים כחלבוני שימור (storage). עד היום, תפקיד האובלבומין אינו ידוע ורווחת הדעה שהוא משמש כחלבון שימור. רב חברי משפחת הסרפינים מורכבים ממבני אלפא-הליקס ומשטחי-ביתא ומלופ-מרכזי (<scene name='Sandbox_MosheRiven/Rcl/ | + | אובלבומין הינו חלבון ממשפחת הסרפינים, אשר חולקים מבנה שלישוני דומה (30% הומולוגיה). חברי משפחה זו הינם חלבונים מסוג מעכבי פרוטאזות הנקשרים לחלבונים אחרים ומעכבים את פעילותם, כגון מעכבי סרין או ציסטאין פרוטאזות, מעכבי שפרונים, או מעכבי טרנספורטים של הורמונים. חלק מחלבוני המשפחה מתפקדים כחלבוני שימור (storage). עד היום, תפקיד האובלבומין אינו ידוע ורווחת הדעה שהוא משמש כחלבון שימור. רב חברי משפחת הסרפינים מורכבים ממבני אלפא-הליקס ומשטחי-ביתא ומלופ-מרכזי (<scene name='Sandbox_MosheRiven/Rcl/2'>RCL: reactive center loop</scene>), החיוני לתפקודו של החלבון. |
---- | ---- | ||
| Line 22: | Line 22: | ||
אובלבומין הוא חלבון המורכב מ - 385 <scene name='Sandbox_MosheRiven/Amino_acids/2'>חומצות אמינו</scene> ומסה של 45 קילו דלתון. לחלבון ארבעה דומיינים כאשר דומיינים A, B ו – C מכילים גם מיבני אלפא-הליקס וגם משטחי ביתא. <scene name='Sandbox_MosheRiven/Domain_d/1'>דומיין D</scene> הוא קטן יותר ומכיל בעיקר אלפא-הליקס, ונקרא הלופ החשוף של אובלבומין. [[image:4 domains of ovalbumin1.jpg|center|thumb|450px|ארבעת הדומיינים של האובלבומין. דומיין D קצר יותר ומורכב מעיקר ממבני אלפא הליקס]] | אובלבומין הוא חלבון המורכב מ - 385 <scene name='Sandbox_MosheRiven/Amino_acids/2'>חומצות אמינו</scene> ומסה של 45 קילו דלתון. לחלבון ארבעה דומיינים כאשר דומיינים A, B ו – C מכילים גם מיבני אלפא-הליקס וגם משטחי ביתא. <scene name='Sandbox_MosheRiven/Domain_d/1'>דומיין D</scene> הוא קטן יותר ומכיל בעיקר אלפא-הליקס, ונקרא הלופ החשוף של אובלבומין. [[image:4 domains of ovalbumin1.jpg|center|thumb|450px|ארבעת הדומיינים של האובלבומין. דומיין D קצר יותר ומורכב מעיקר ממבני אלפא הליקס]] | ||
לאחר שלב התרגום אובלבומין עובר שינויים ברצף שלו וכן נוספות לו תוספות כימיות המכונות באופן כללי מודיפיקציות פוסט-תירגומיות: 1) לאחר הסרת המתיונין הראשוני מתווספת קבוצת אצטיל (CH4) לקצה ה-N טרמינלי <scene name='Sandbox_MosheRiven/Gly2/1'>החדש</scene>. 2) פוספורילציה של שני שיירי סרין (69 ו-345). 3) אתר גליקוזילציה על <scene name='Sandbox_MosheRiven/Asp293/2'>חומצה אספרטית 293</scene> שמקבל את השייר הסוכרי N-acetyl-D-glucosamine. | לאחר שלב התרגום אובלבומין עובר שינויים ברצף שלו וכן נוספות לו תוספות כימיות המכונות באופן כללי מודיפיקציות פוסט-תירגומיות: 1) לאחר הסרת המתיונין הראשוני מתווספת קבוצת אצטיל (CH4) לקצה ה-N טרמינלי <scene name='Sandbox_MosheRiven/Gly2/1'>החדש</scene>. 2) פוספורילציה של שני שיירי סרין (69 ו-345). 3) אתר גליקוזילציה על <scene name='Sandbox_MosheRiven/Asp293/2'>חומצה אספרטית 293</scene> שמקבל את השייר הסוכרי N-acetyl-D-glucosamine. | ||
| - | האובלבומין מכיל שישה ציסטאינים, ששנים מהם (74 ו-121) יוצרים גשר די | + | האובלבומין מכיל שישה ציסטאינים, ששנים מהם (74 ו-121) יוצרים גשר <scene name='Sandbox_MosheRiven/Disolfide_bonds/2'>גשר די סולפידי</scene>. |
כמו כן, החלבון קושר יון סידן ע"י שני השיירים סרין 345 וחומצה גלוטאמית 192. | כמו כן, החלבון קושר יון סידן ע"י שני השיירים סרין 345 וחומצה גלוטאמית 192. | ||
אובלבומין מיוחד בזה שהוא מכיל את כל חומצות האמינו הקיימות, ולכן יכול לשמש כחלבון שימור, שפירוקו מספק את כלל חומצות האמינו הדרושות להתפתחות עוברית. | אובלבומין מיוחד בזה שהוא מכיל את כל חומצות האמינו הקיימות, ולכן יכול לשמש כחלבון שימור, שפירוקו מספק את כלל חומצות האמינו הדרושות להתפתחות עוברית. | ||
| Line 45: | Line 45: | ||
| - | לרוב חברי הסרפינים קיים לופ מרכזי | + | לרוב חברי הסרפינים קיים לופ מרכזי האחראי ליצירת שינויים מבניים גדולים במבנה החלבון, ולכן חיוני לתפקודו. <scene name='Sandbox_MosheRiven/Rcl/2'>באובלבומין הלופ המרכזי (RCL)</scene> בנוי משיירים 350-360, היוצרים מבנה של הליקס, בעוד אצל שאר חברי הסרפינים מרכז זה הינו לופ ויתכן שאף הליקס. |
בעוד שבסרפינים אחרים הלופ המרכזי יכול להכנס בין גדילי הבתא של דומיין A באותו חלבון או בחלבונים אחרים (לדוגמא החלבון אנטי-טריפסין ממשפחת הסרפינים, שמאמץ מספר מצבים בהתאם למיקום הלופ המרכזי), הלופ המרכזי באובלבומין אינו עובר את השינוי המבני הזה. | בעוד שבסרפינים אחרים הלופ המרכזי יכול להכנס בין גדילי הבתא של דומיין A באותו חלבון או בחלבונים אחרים (לדוגמא החלבון אנטי-טריפסין ממשפחת הסרפינים, שמאמץ מספר מצבים בהתאם למיקום הלופ המרכזי), הלופ המרכזי באובלבומין אינו עובר את השינוי המבני הזה. | ||
Current revision
האובלבומין
| |||||||||||
