User:Angel Herraez/Sandbox 5

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==Your Heading Here (maybe something like 'Structure')==
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== Test ==
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<StructureSection load='1stp' size='340' side='right' caption='Caption for this structure' scene=''>
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<StructureSection size='300' load='3rjs' side='right' caption='Dynein Light Chain 8a' scene=''>
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This is a default text for your page '''Angel Herraez/Sandbox 5'''. Click above on '''edit this page''' to modify. Be careful with the &lt; and &gt; signs.
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First JSmol panel is aligned to the right.
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You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia <ref>DOI 10.1002/ijch.201300024</ref> or to the article describing Jmol <ref>PMID:21638687</ref> to the rescue.
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== Function ==
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This structure is monomeric in the asymmetric unit and dimeric in the biological assembly.
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== Disease ==
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<scene name='58/587840/Cartoon_rainbow_and_water/1'>Color by group</scene>
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== Relevance ==
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<scene name='58/587840/Cartoon_rainbow_and_water/3'>without the water and a scene caption</scene>
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== Structural highlights ==
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<scene name='58/587840/Test_characters/1'>Test of non-English characters</scene>
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This is a sample scene created with SAT to <scene name="/12/3456/Sample/1">color</scene> by Group, and another to make <scene name="/12/3456/Sample/2">a transparent representation</scene> of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.
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<scene name='58/587840/Ramachandran_of_3_helices/1'>Ramachandran</scene>
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This is a model prepared outside Proteopedia, saved as PNGJ and then dropped into JSmol pane here in SAT: <scene name='58/587840/Model_from_pngj_file/2'>model from PNGJ file</scene>
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<scene name='58/587840/Ramachandran_of_3_helices/2'>Ramachandran 2</scene>
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<scene name='58/587840/From-pngj/3'>Scene loaded from PNGJ, after preloading the pdb</scene>
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<scene name='58/587840/From-jpg/1'>Scene loaded from JPEG, after preloading the pdb</scene>
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Y, viéndole don Quijote de aquella manera, con muestras de tanta tristeza, le dijo: Sábete, Sancho, que no es un hombre más que otro si no hace más que otro. Todas estas borrascas que nos suceden son señales de que presto ha de serenar el tiempo y han de sucedernos bien las cosas; porque no es posible que el mal ni el bien sean durables, y de aquí se sigue que, habiendo durado mucho el mal, el bien está ya cerca. Así que, no debes congojarte por las desgracias que a mí me suceden, pues a ti no te cabe parte dellas.
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Y, viéndole don Quijote de aquella manera, con muestras de tanta tristeza, le dijo: Sábete, Sancho, que no es un hombre más que otro si no hace más que otro. Todas estas borrascas que nos suceden son señales de que presto ha de serenar el tiempo y han de sucedernos bien las cosas; porque no es posible que el mal ni el bien sean durables, y de aquí se sigue que, habiendo durado mucho el mal, el bien está ya cerca. Así que, no debes congojarte por las desgracias que a mí me suceden, pues a ti no te cabe parte dellas.
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[http://biomodel.uah.es website]
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</StructureSection>
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=== Second ===
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<StructureSection size='300' load='' side='left' caption='Hemoglobin' scene='' name='ABC'>
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Second JSmol panel
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<scene target='ABC' name='58/587840/Model_loaded/1'>Just load the file</scene>
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Y, viéndole don Quijote de aquella manera, con muestras de tanta tristeza, le dijo: Sábete, Sancho, que no es un hombre más que otro si no hace más que otro. Todas estas borrascas que nos suceden son señales de que presto ha de serenar el tiempo y han de sucedernos bien las cosas; porque no es posible que el mal ni el bien sean durables, y de aquí se sigue que, habiendo durado mucho el mal, el bien está ya cerca.
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<scene target='ABC' name='58/587840/Test_1_pngj_unmodified/1'>Scene direct from PNGJ file</scene>
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<scene target='ABC' name='58/587840/Test_1_pngj_modified/1'>Scene modified from PNGJ</scene>
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<scene name='10/1037483/Conservacion_dimero_1t09/2'>Scene from Clara's page, dimer ConSurf</scene>
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<scene target='ABC' name='10/1037483/1t09a_aligned_with_1t09b/1'>Scene from Clara's page, Escena 2</scene>
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Not quite <scene name='58/587840/1t09a_aligned_with_1t09b/2'>Fixed scene, Escena 2</scene> needs 2 clicks to work
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<scene name='58/587840/Contacto_ict_con_arg132_varill/2'>Another attempt (made with 2 pdb files and Jmol14)</scene>
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 +
Direct load of PNGJ: <jmol>
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<jmolLink>
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<text> Escena 6 </text>
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<target>ABC</target>
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<script>zap;set echo 50% 50%; echo "loading...";refresh;load "/wiki/images/4/47/3MAS.A_1T0L.A_pdb14.png";</script>
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</jmolLink>
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</jmol>
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y después:
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<jmol>
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<jmolLink>
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<text> Estructura 3MAR </text>
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<target>ABC</target>
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<script>anim off; frame 1;</script>
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</jmolLink>
 +
</jmol> | <jmol>
 +
<jmolLink>
 +
<text> Estructura 1T0L </text>
 +
<target>ABC</target>
 +
<script>anim off; frame 2;</script>
 +
</jmolLink>
 +
</jmol> | <jmol>
 +
<jmolLink>
 +
<text> Animación </text>
 +
<target>ABC</target>
 +
<script>anim mode palindrome; frame play;</script>
 +
</jmolLink>
 +
</jmol>
 +
 +
<!-- /1037483/ -->
</StructureSection>
</StructureSection>
-
== References ==
 
-
<references/>
 

Current revision

Test

Dynein Light Chain 8a

Drag the structure with the mouse to rotate

Second

Hemoglobin

Drag the structure with the mouse to rotate

Proteopedia Page Contributors and Editors (what is this?)

Angel Herraez, Jaime Prilusky

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