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| | ==Más uso del ratón== | | ==Más uso del ratón== |
| - | *'''Identify atoms''': Make sure the molecule is not spinning on its own (you can turn that off in the 3D browser by clicking the "± spin" text on the bottom). Then, hover (i.e. point with the mouse pointer without moving or clicking) over an atom, and a small pop-up text will appear. Try it! Here is an example text: "[ALA]23:A.CA #252" illustrating the format. It shows that the atom hovered over is part of alanine (ALA) residue number 23 of chain A (or subunit A). The atom is an alpha carbon (CA) and has the serial number 252 in the coordinate file. | + | *'''Identifica los átomos''': Asegúrate de que el modelo molecular no esté girando (se puede desactivar el giro en el panel 3D pulsando en el botón <code>± spin</code> situado bajo él). Entonces, cuando coloques durante unos segundos el puntero del ratón sobre un átomo aparecerá un pequeño texto. ¡Inténtalo! Un ejemplo de tal texto que ilustra su formato es: <code>[ALA]23:A.CA #252</code>. Esto indica que el átomo al que hemos apuntado forma parte de una alanina (ALA) cuyo número de residuo es 23, en la cadena A. El átomo es un carbono alfa (CA) y tiene un número de serie (nº de orden) 252 en el archivo de coordenadas. |
| - | *'''Press shift''': When you press shift while dragging the molecule, the mouse pointer will look differently, and behave differently. Now, dragging up and down will zoom in or out, and dragging left and right will rotate the molecule around the z-axis. Try it! If your screen is touch-sensitive, you can also zoom with the usual two-finger pinch gestures. To move (translate) the molecule, press shift, double-click and drag. If your screen is touch-sensitve, you can also drag with two fingers. Try it! After you moved the molecule, it will still rotate around the old center of rotation (below we'll discuss how you can use the menu to change the center of rotation). | + | *'''Pulsa la tecla de mayúsculas''': Cuando se mantiene pulsada mayúsculas mientras se arrastra el puntero, éste cambia de aspecto y se comporta de modo diferente. Al arrastrar hacia arriba o abajo se cambiará la ampliación con que se ve la estructura; al arrastrar a derecha o izquierda se girará la molécula alrededor del eje Z (perpendicular a la pantalla). Inténtalo. Puedes también cambiar la ampliación con la rueda del ratón o, si tu pantalla es táctil, con el gesto habitual de pellizcar con los dedos. Para desplazar la molécula, pulsa la tecla Control y arrastra con el botón derecho del ratón, o bien pulsa mayúsculas, haz doble clic y arrastra en el 2º clic. Si tu pantalla es táctil puedes desplazar usando dos dedos. ¡Inténtalo! Tras moverla, la molécula seguirá girando alrededor del centro de rotación previo. (Más abajo discutiremos cómo cambiar el centro de rotación usando el menú). |
| - | *'''Start over''': Sometimes, after zooming or rotating, the molecule is gone, or you get lost. To get back to the original view, press the green link again. | + | *'''Comienza de nuevo''': En ocasiones, tras cambiar la escala o girar la estructura se pierde de vista la molécula, o te pierdes. Para regresar a la vista original, pulsa de nuevo el enlace verde. |
| - | *'''Measure''': To measure distances, angles and torsion angles, you start by double-clicking an atom. For a distance, you just double-click a second atoms, and the distance appears. Repeating the process will erase the distance measurement. For angles, you need to define three atoms, with a double-click, click, double-click sequences. For torsion angles, ou might have guessed it, you need four atoms (double-click, click, click, double-click). If you clicked on the wrong atom midway, click on an empty space to cancel. Try it! | + | *'''Mediciones''': Para medir distancias, ángulos o ángulos de torsión (diedros) debes comenzar haciendo doble clic en el primer átomo. Para medir una distancia, haz doble clic en el segundo átomo y se mostrará el valor. Si repites el proceso sobre los mismos átomos se borra la medición. Para medir un ángulo entre enlaces, pulsa sucesivamente sobre los 3 átomos implicados, con doble clic, clic sencillo y doble clic, respectivamente. Para medir un ángulo de torsión o diedro, pulsa sucesivamente sobre los 4 átomos implicados, con doble clic, clic sencillo, clic sencillo y doble clic, respectivamente. Si te equivocas de átomo a mitad del proceso, puedes cancelar haciendo clic en un espacio vacío (fuera de los átomos). ¡Prueba! |
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| | ==Uso del menú de Jmol== | | ==Uso del menú de Jmol== |
| - | The menu is quite extensive, and we will only discuss a small subset here. To open the Jmol menu, press control and click the mouse with the mouse pointer in the 3D window, or right-click the mouse if possible.
| + | El menú es bastante extenso, pero aquí sólo hablaremos de una parte. Para abrir el menú, pulsa Control a la vez que haces clic con el puntero dentro del panel de Jmol, o bien pulsa con el botón derecho. |
| - | *'''Select parts''': The "select" submenu has lots of options to select different parts of the molecule. The number in parenthesis after the word "select" indicates how many atoms are selected at this moment. Before you start playing with the selection menu, check the "Selection halos" box in the submenu. Once checked, selected atoms will be shown with yellow circles around them. Try Select->Protein->By residue name->Ala to select all the alanine residues in the protein. (Notice the clusters of halos corresponding to alanine residues). Then, try something else like selecting all sulfur atoms in the structure. Each new selection will deselect previous selections. | + | *'''Selección de partes''': El submenú <code>Seleccionar</code> tiene muchas opciones para seleccionar diversas partes de la molécula. El número entre paréntesis tras la palabra "seleccionar" informa de cuántos átomos están seleccionados en cada momento. Antes de que empieces a jugar con el menú, marca la casilla <code>Halos de selección</code>. Eso hará que los átomos seleccionados estén rodeados por círculos amarillos. Prueba <code>Seleccionar->Proteína->por nombre de residuo->Ala</code> para seleccionar todos los átomos de residuos de alanina. (Observa las agrupaciones de halos, en los residuos de alanina). Luego intenta alguna otra opción, como seleccionar todos los átomos de azufre de la estructura. Cada nueva selección cancela la anterior. |
| - | *'''Change representation''': The "style" submenu allows you to change how the selected atoms are represented. Try first selecting all alanine residues, and showing them as ball and stick by clicking Style->Scheme->Ball-and-stick. The "color" submenu allows you to choose colors for the selected atoms (and the other drawing objects such as secondary structure cartoons associated with those atoms). Try making the alanines violet by using Color->Atoms->Violet | + | *'''Cambio de representación''': El submenú <code>Estilo</code> permite cambiar la representación de los átomos que estén seleccionados. Prueba a seleccionar primero todos los residuos de alanina y mostrarlos como bolas y varillas, pulsando en <code>Estilo->Patrón->Bolas y varillas</code>. El submenú <code>color</code> te permite elegir colores para los átomos seleccionados selected (así como para el resto de objetos dibujados asociados a los átomos, como la representación esquemática de la estructura secundaria). Intenta colorear las alaninas con <code>Color->Átomos->Violeta</code>. |
| - | *'''Re-center''': If you want to explore a part the depicted structure in detail, it makes sense to change the center of rotation. Use Set picking->Center and then click on an atom in the region of interest. Now, the atom will be the new center of rotation (i.e. not move while you rotate the molecule) and will stay in the picture no matter how far you zoom in. Try it! | + | *'''Centrar de nuevo''': Si quieres explorar en detalle una parte de la estructura, es conveniente cmabiar el centro de rotación. Utiliza <code>Átomo elegido->Centrar</code> y luego pulsa sobre un átomo de la zona de interés. Ahora ese átomo será el nuevo centro de rotación (es decir, no se moverá cuando gires la molécula) y no se saldrá de la escena for mucho que amplíes la escala. ¡Pruébalo! |
| - | *'''Add labels''': To add labels indicating the residue name and number, use Set picking->Label. Clicking on any atom will add a label, and clicking a second time will delete it again. Once you are done, you might want to turn off picking by Set picking->None (the default behavior). Otherwise, you will add labels every time you click on an atom. | + | *'''Añadir etiquetas''': Para añadir una etiqueta que indique el nombre y número del residuo, usa <code>Átomo elegido->Etiquetar</code>. Al pulsar sobre cualquier átomo se añadirá junto a él una etiqueta; si pulsas por segunda vez desaparecerá. Una vez hayas terminado con estas acciones, puede interesar que desactives las opciones de átomo elegido con <code>Átomo elegido->No</code> (que es el estado predeterminado). Si no, estarás añadiendo etiquetas cada vez que pulses sobre un átomo. |
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| | ==Uso de la consola== | | ==Uso de la consola== |
| - | The console is a way to pass any command to Jmol. As a casual user of Jmol, you only need to know a handful of commands not available through the menu. If you become a frequent user of Jmol, you might stop using the menu and type commands instead once you are familiar with them. To open the console, use the menu item "Console". Try it.
| + | La consola sirve para transmitir a Jmol cualquier instrucción. Si eres un usuario ocasional sólo necesitas conocer unas pocas instrucciones que no estén disponibles a través del menú. Si llegas a ser un usuario frecuente de Jmol quizá dejes de usar el menú y escribas las instrucciones, una vez te hayas familiarizado con ellas. Para abrir la consola pulsa en la entrada "Consola" disponible en el menú. Pruébalo. |
| - | *Finding a residue: If you want to find a specific residue in a structure and you know the residue number, say residue 72, type "center 72" in the console. You can also select it by typing "select 72", and then change how it is represented in the 3D figure by using the menu. | + | *Localización de un residuo: Si conoces el número del residuo en la estructura, por ejemplo el residuo 72, escribe <code>center 72</code> en la consola; el modelo se moverá para situar ese residuo en el centro. También puedes seleccionarlo escribiendo <code>select 72</code> y después cambiar su aspecto en el modelo 3D usando opciones del menú. |
| - | *Selecting multiple parts of the molecule: When using the menu to select, each new selection command cancels the old one. Using the console, you can type something like "selected selected or 33" to add residue 33 to your selection. You can also select multiple parts of the structure in a single command like "select (42, 67, 82) and sidechain and _C", which would select all carbon atoms in the side chain of residues 42, 67 and 82. You can learn common selection command in this [http://cbm.msoe.edu/includes/modules/jmolTutorial/jmolSelect.html tutorial]. The complete set of selection commands is explained in the Jmol manual. | + | *Selección de varias partes de la molécula: Cuando uses el menú para seleccionar, cada nueva selección cancela la anterior. Usando la consola es posible combinar selecciones; por ejemplo, si escribes <code>selected selected or 33</code> añadirás los átomos del residuo 33 a la selección anterior. También es posible seleccionar varias partes de una sola vez con una instrucción como <code>select (42, 67, 82) and sidechain and _C</code>, que selecconará todos los átomos de carbono de las cadenas laterales de los residuos 42, 67 y 82. Puedes aprender algunas instrucciones de selección frecuentes en esta [http://cbm.msoe.edu/includes/modules/jmolTutorial/jmolSelect.html guía] (en inglés). La colección completa de instrucciones de selección se explica en el [{{ScriptingDoc}}#atomexpressions manual de Jmol]. |
| - | *Showing hydrogen bond: Select the entire structure or parts you are interested in (e.g. "select backbone and helix"), then type "hbonds calculate" in the console. This will calculate possible hydrogen bonds and display them. | + | *Mostrar enlaces de hidrógeno: Selecciona la estructura completa o las partes que te interesen (por ej., <code>select backbone and helix</code>) y luego escribe <code>hbonds calculate</code> en la consola. Esto localizará posibles enlaces de hidrógeno y los mostrará. |
| - | *Increasing the size of labels shown when hovering: When giving a presentation and projecting a page, the "hover labels" are sometimes too small and too complicated to be appreciated by the viewers. A command like | + | *Aumentar el tamaño de las etiquetas que se muestran al colocar el puntero sobre un átomo: A menudo, principalmente en presentaciones con proyector, las etiquetas son demasiado pequeñas o complejas para que el público las observe bien. Puede resolverse con una instrucción como esta: <code>hover "%n%R %a"; font hover 30</code> |
| - | <nowiki>hover "%n%R %a"; font hover 30</nowiki>
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| - | will help.
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| | </StructureSection> | | </StructureSection> |
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| | ¡Ya estás preparado para explorar el fascinante mundo de las proteínas presentado en Proteopedia! | | ¡Ya estás preparado para explorar el fascinante mundo de las proteínas presentado en Proteopedia! |
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| | + | === Nota === |
| | + | Esta es la versión en español de la [[Viewing_guide|página]] diseñada por el profesor [[User:Karsten_Theis|Karsten Theis]]. |
Se presenta aquí una breve guía para leer un artículo de Proteopedia y ver las figuras tridimensionales integradas.
Como estructura de ejemplo usaremos la lisozima unida a un .
En la , la proteína se muestra en azul (más exactamente deepSkyBlue, azul celeste oscuro) en forma de trazo de esqueleto siguiendo los carbonos alfa, y el carbohidrato en formato de varillas, coloreado según el
esquema de colores CPK. La lisozima fue la primera estructura resuelta de una enzima.
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Lectura y visualización básicas
- Lee el texto (si necesitas un tamaño de texto mayor, cámbialo en el navegador pulsando las teclas Control y Más (+)) y avanza usando la barra de desplazamiento a la derecha de la pantalla.
- Pulsa en los : Mientras vas leyendo, si encuentras un y pulsas sobre él se mostrará una imagen nueva en el panel 3D integrado con el texto. A veces el panel 3D no está visible en la pantalla y es preciso desplazarse arriba o abajo para verlo. Si quieres visitar enlaces normales, conviene que pulses con el botón derecho para que se abran en otra ventana o pestaña del navegador y así no perder la página de Proteopedia.
- Observa las imágenes 3D: el texto debería explicar lo que muestran. ¿Es una vista general o la ampliación de un detalle? ¿Sabes lo que representa cada color? ¿Hay alguna etiqueta? En las secciones siguientes se explican formas de aprender más sobre la estructura que se muestra. Si encuentras la imagen demasiado pequeña, puedes aumentarla pulsando en el botón [🔍+] situado bajo el panel 3D (esto estrechará la zona del texto) o bien abrir una ventana nueva pulsando el botón "popup" situado también bajo el panel 3D. Ten en cuenta que esta vista ampliada en ventana nueva no se actualizará automáticamente cuando pulses en un nuevo enlace verde en la página.
- Usa el ratón para girar la imagen 3D: Para apreciar realmente la naturaleza tridimensional de las proteínas y otras moléculas deberías arrastrar el puntero del ratón para cambiar el ángulo de visión. Imagina que cuando arrastras con el ratón es como si agarrases los átomos del frente y los desplazases, mientras se mantiene fijo el centro de la molécula. ¡Inténtalo! Tras girar la molécula ¿puedes ver algo que antes estaba oculto? ¿Hace esto más fácil visualizar la forma tridimensional según vas moviendo la molécula?
Más uso del ratón
- Identifica los átomos: Asegúrate de que el modelo molecular no esté girando (se puede desactivar el giro en el panel 3D pulsando en el botón
± spin situado bajo él). Entonces, cuando coloques durante unos segundos el puntero del ratón sobre un átomo aparecerá un pequeño texto. ¡Inténtalo! Un ejemplo de tal texto que ilustra su formato es: [ALA]23:A.CA #252. Esto indica que el átomo al que hemos apuntado forma parte de una alanina (ALA) cuyo número de residuo es 23, en la cadena A. El átomo es un carbono alfa (CA) y tiene un número de serie (nº de orden) 252 en el archivo de coordenadas.
- Pulsa la tecla de mayúsculas: Cuando se mantiene pulsada mayúsculas mientras se arrastra el puntero, éste cambia de aspecto y se comporta de modo diferente. Al arrastrar hacia arriba o abajo se cambiará la ampliación con que se ve la estructura; al arrastrar a derecha o izquierda se girará la molécula alrededor del eje Z (perpendicular a la pantalla). Inténtalo. Puedes también cambiar la ampliación con la rueda del ratón o, si tu pantalla es táctil, con el gesto habitual de pellizcar con los dedos. Para desplazar la molécula, pulsa la tecla Control y arrastra con el botón derecho del ratón, o bien pulsa mayúsculas, haz doble clic y arrastra en el 2º clic. Si tu pantalla es táctil puedes desplazar usando dos dedos. ¡Inténtalo! Tras moverla, la molécula seguirá girando alrededor del centro de rotación previo. (Más abajo discutiremos cómo cambiar el centro de rotación usando el menú).
- Comienza de nuevo: En ocasiones, tras cambiar la escala o girar la estructura se pierde de vista la molécula, o te pierdes. Para regresar a la vista original, pulsa de nuevo el enlace verde.
- Mediciones: Para medir distancias, ángulos o ángulos de torsión (diedros) debes comenzar haciendo doble clic en el primer átomo. Para medir una distancia, haz doble clic en el segundo átomo y se mostrará el valor. Si repites el proceso sobre los mismos átomos se borra la medición. Para medir un ángulo entre enlaces, pulsa sucesivamente sobre los 3 átomos implicados, con doble clic, clic sencillo y doble clic, respectivamente. Para medir un ángulo de torsión o diedro, pulsa sucesivamente sobre los 4 átomos implicados, con doble clic, clic sencillo, clic sencillo y doble clic, respectivamente. Si te equivocas de átomo a mitad del proceso, puedes cancelar haciendo clic en un espacio vacío (fuera de los átomos). ¡Prueba!
Uso del menú de Jmol
El menú es bastante extenso, pero aquí sólo hablaremos de una parte. Para abrir el menú, pulsa Control a la vez que haces clic con el puntero dentro del panel de Jmol, o bien pulsa con el botón derecho.
- Selección de partes: El submenú
Seleccionar tiene muchas opciones para seleccionar diversas partes de la molécula. El número entre paréntesis tras la palabra "seleccionar" informa de cuántos átomos están seleccionados en cada momento. Antes de que empieces a jugar con el menú, marca la casilla Halos de selección. Eso hará que los átomos seleccionados estén rodeados por círculos amarillos. Prueba Seleccionar->Proteína->por nombre de residuo->Ala para seleccionar todos los átomos de residuos de alanina. (Observa las agrupaciones de halos, en los residuos de alanina). Luego intenta alguna otra opción, como seleccionar todos los átomos de azufre de la estructura. Cada nueva selección cancela la anterior.
- Cambio de representación: El submenú
Estilo permite cambiar la representación de los átomos que estén seleccionados. Prueba a seleccionar primero todos los residuos de alanina y mostrarlos como bolas y varillas, pulsando en Estilo->Patrón->Bolas y varillas. El submenú color te permite elegir colores para los átomos seleccionados selected (así como para el resto de objetos dibujados asociados a los átomos, como la representación esquemática de la estructura secundaria). Intenta colorear las alaninas con Color->Átomos->Violeta.
- Centrar de nuevo: Si quieres explorar en detalle una parte de la estructura, es conveniente cmabiar el centro de rotación. Utiliza
Átomo elegido->Centrar y luego pulsa sobre un átomo de la zona de interés. Ahora ese átomo será el nuevo centro de rotación (es decir, no se moverá cuando gires la molécula) y no se saldrá de la escena for mucho que amplíes la escala. ¡Pruébalo!
- Añadir etiquetas: Para añadir una etiqueta que indique el nombre y número del residuo, usa
Átomo elegido->Etiquetar. Al pulsar sobre cualquier átomo se añadirá junto a él una etiqueta; si pulsas por segunda vez desaparecerá. Una vez hayas terminado con estas acciones, puede interesar que desactives las opciones de átomo elegido con Átomo elegido->No (que es el estado predeterminado). Si no, estarás añadiendo etiquetas cada vez que pulses sobre un átomo.
Uso de la consola
La consola sirve para transmitir a Jmol cualquier instrucción. Si eres un usuario ocasional sólo necesitas conocer unas pocas instrucciones que no estén disponibles a través del menú. Si llegas a ser un usuario frecuente de Jmol quizá dejes de usar el menú y escribas las instrucciones, una vez te hayas familiarizado con ellas. Para abrir la consola pulsa en la entrada "Consola" disponible en el menú. Pruébalo.
- Localización de un residuo: Si conoces el número del residuo en la estructura, por ejemplo el residuo 72, escribe
center 72 en la consola; el modelo se moverá para situar ese residuo en el centro. También puedes seleccionarlo escribiendo select 72 y después cambiar su aspecto en el modelo 3D usando opciones del menú.
- Selección de varias partes de la molécula: Cuando uses el menú para seleccionar, cada nueva selección cancela la anterior. Usando la consola es posible combinar selecciones; por ejemplo, si escribes
selected selected or 33 añadirás los átomos del residuo 33 a la selección anterior. También es posible seleccionar varias partes de una sola vez con una instrucción como select (42, 67, 82) and sidechain and _C, que selecconará todos los átomos de carbono de las cadenas laterales de los residuos 42, 67 y 82. Puedes aprender algunas instrucciones de selección frecuentes en esta guía (en inglés). La colección completa de instrucciones de selección se explica en el manual de Jmol.
- Mostrar enlaces de hidrógeno: Selecciona la estructura completa o las partes que te interesen (por ej.,
select backbone and helix) y luego escribe hbonds calculate en la consola. Esto localizará posibles enlaces de hidrógeno y los mostrará.
- Aumentar el tamaño de las etiquetas que se muestran al colocar el puntero sobre un átomo: A menudo, principalmente en presentaciones con proyector, las etiquetas son demasiado pequeñas o complejas para que el público las observe bien. Puede resolverse con una instrucción como esta:
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