TRNA synthetases (Hebrew)
From Proteopedia
(Difference between revisions)
| (2 intermediate revisions not shown.) | |||
| Line 115: | Line 115: | ||
<p dir='rtl'> | <p dir='rtl'> | ||
| - | על מנת להבין את פעולת האנזים בחרנו להתמקד במבנה של [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%95%D7%9C%D7%99%D7%9F ואלין] tRNA סינתטאז ( | + | על מנת להבין את פעולת האנזים בחרנו להתמקד במבנה של [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%95%D7%9C%D7%99%D7%9F ואלין] tRNA סינתטאז (כפי שגובש ומוצג ברשומה 1GAX). |
במבנה זה גובש דימר (שתי תתי יחידות) של האנזים מ Thermus thermophilus כולל שתי מולקולות tRNA ואלין קשורות ואנלוג של Valyl-adenilate. | במבנה זה גובש דימר (שתי תתי יחידות) של האנזים מ Thermus thermophilus כולל שתי מולקולות tRNA ואלין קשורות ואנלוג של Valyl-adenilate. | ||
| Line 136: | Line 136: | ||
הינו דימר של אמינואציל tRNA ואלין עם שתי מולקולות tRNA מחוברות אליו. בסצנה זו תת יחידה אחת של החלבון צבועה בירוק והשנייה בתכלת. ה tRNA צבוע באדום וכחול על מנת להדגיש את מורכבות המבנה. בנוסף, מוצג מבנה מלא סטטי (<scene name='89/898979/Full_protein_view/2'>מבנה מלא-סטטי</scene>) בו ניתן לראות את המבנה כולל הפניות (חיצים) למרכיביו השונים. | הינו דימר של אמינואציל tRNA ואלין עם שתי מולקולות tRNA מחוברות אליו. בסצנה זו תת יחידה אחת של החלבון צבועה בירוק והשנייה בתכלת. ה tRNA צבוע באדום וכחול על מנת להדגיש את מורכבות המבנה. בנוסף, מוצג מבנה מלא סטטי (<scene name='89/898979/Full_protein_view/2'>מבנה מלא-סטטי</scene>) בו ניתן לראות את המבנה כולל הפניות (חיצים) למרכיביו השונים. | ||
על מנת להציג את החלבון וה RNA בצורה ברורה משלב זה הסצנות מוצגות כ'''מונומר'''. | על מנת להציג את החלבון וה RNA בצורה ברורה משלב זה הסצנות מוצגות כ'''מונומר'''. | ||
| - | חלבונים הם מולקולות פולימריות המורכבות משרשרת של ח. אמינו.החלבונים מורכבים מצירופים שונים של 20 סוגי חומצות אמינו הנקשרות זו לזו בקשרים פפטידיים ליצירת החלבון.לכל חלבון רצף ייחודי של ח' אמינו המתקפלות למבנה ייחודי. במקרים רבים כאשר מגבשים אנזים יש לעשות זאת עם מולקולות נוספות המתחברות אליהם. במקרה ספציפי זה ניתן לראות כי המבנה שגובש מכיל הן חלבון המורכב מח. אמינו תצוגת ח' אמינו (כחול) והן tRNA המורכב מחומצות גרעין (חום) (<scene name='89/898979/Amino_acid/6'>תצוגת חומצות אמינו</scene>) | + | חלבונים הם מולקולות פולימריות המורכבות משרשרת של ח. אמינו.החלבונים מורכבים מצירופים שונים של 20 סוגי חומצות אמינו הנקשרות זו לזו בקשרים פפטידיים ליצירת החלבון. לכל חלבון רצף ייחודי של ח' אמינו המתקפלות למבנה ייחודי. במקרים רבים כאשר מגבשים אנזים יש לעשות זאת עם מולקולות נוספות המתחברות אליהם. במקרה ספציפי זה ניתן לראות כי המבנה שגובש מכיל הן חלבון המורכב מח. אמינו תצוגת ח' אמינו (כחול) והן tRNA המורכב מחומצות גרעין (חום) (<scene name='89/898979/Amino_acid/6'>תצוגת חומצות אמינו</scene>) |
משפחת האנזימים אמינואציל tRNA סינתטאז קושרות בנוסף גם ח. אמינית על מנת לבצע את פעילותו האנזימתית (ראה תפקיד האנזים). לכן אתר חשוב במבנה זה הינו | משפחת האנזימים אמינואציל tRNA סינתטאז קושרות בנוסף גם ח. אמינית על מנת לבצע את פעילותו האנזימתית (ראה תפקיד האנזים). לכן אתר חשוב במבנה זה הינו | ||
| - | אתר קישור ואלין בעמדה 81.(<scene name='89/898979/Valine_binding_site/1'>אתר קישור ואלין עמדה 81</scene>). בסצנה זו ניתן לראות את האנזים בצבע | + | אתר קישור ואלין בעמדה 81.(<scene name='89/898979/Valine_binding_site/1'>אתר קישור ואלין עמדה 81</scene>). בסצנה זו ניתן לראות את האנזים בצבע ירוק ואת מולקולת ה tRNA בכחול. ניתן לראות בנוסף את אתר הקישור של ואלין (עמדה 81) מסומנת האדום. |
ישנם מבנים של חלבונים שיש בהם מוטיבים אשר חוזרים על עצמם פעמים רבות במבנה החלבון. אחד משני המוטיבים מרכזיים הינו <scene name='89/898979/Alpha_helix_chains/1'>מבנה שניוני alpha helix</scene> במבנה החלבון ניתן לראות את האנזים בצבע כחול ואת מולקולת ה tRNA בירוק. מבנים שניוניים אשר מקופלים ל Alpha helix צבועים באדום. מוטיב מרכזי נוסף הינו <scene name='89/898979/Beta_sheet/6'>מבנה שניוני beta sheet</scene>. כאן ניתן לראות ניתן לראות את האנזים בצבע כחול ואת מולקולת ה tRNA בירוק. מבנים שניוניים אשר מקופלים ל Beta sheet צבועים באדום. | ישנם מבנים של חלבונים שיש בהם מוטיבים אשר חוזרים על עצמם פעמים רבות במבנה החלבון. אחד משני המוטיבים מרכזיים הינו <scene name='89/898979/Alpha_helix_chains/1'>מבנה שניוני alpha helix</scene> במבנה החלבון ניתן לראות את האנזים בצבע כחול ואת מולקולת ה tRNA בירוק. מבנים שניוניים אשר מקופלים ל Alpha helix צבועים באדום. מוטיב מרכזי נוסף הינו <scene name='89/898979/Beta_sheet/6'>מבנה שניוני beta sheet</scene>. כאן ניתן לראות ניתן לראות את האנזים בצבע כחול ואת מולקולת ה tRNA בירוק. מבנים שניוניים אשר מקופלים ל Beta sheet צבועים באדום. | ||
| - | בנוסף למבנה החלבון, מבנה ה tRNA גם כן הינו ייחודי .מולקולת tRNA בצבע סגול. ניתן לראות את הבסיסים החנקניים (פורינים ופרימידינים) המרכיבים כל RNA בתא. ניתן לראות זאת ב <scene name='89/898979/Trna_view/2'>מבט על הRNA</scene> בה האנזים בצבע כחול ואת מולקולת ה tRNA סגול. | + | בנוסף למבנה החלבון, מבנה ה tRNA גם כן הינו ייחודי. מולקולת tRNA בצבע סגול. ניתן לראות את הבסיסים החנקניים (פורינים ופרימידינים) המרכיבים כל RNA בתא. ניתן לראות זאת ב <scene name='89/898979/Trna_view/2'>מבט על הRNA</scene> בה האנזים בצבע כחול ואת מולקולת ה tRNA סגול. |
אנזימים רבים זקוקים למולקולת ATP על מנת לבצע את פעולתם. אנזימי האמינואציל tRNA סינתטאז מתבססים גם הם על הידרוליזה של ATP (ראה תפקיד האנזים). באנזים יש ATP אתר קישור (<scene name='89/898979/Atp_binding_site_lys_531/1'>ATP אתר קישור - lys 531 </scene>). בסצנה זו ניתן לראות את האנזים בצבע חום ואת מולקולת ה tRNA בירוק. בנוסף ניתן לראות את אתר קישור ה ATP בסגול ומחובר לאתר הקישור שלו באנזים. | אנזימים רבים זקוקים למולקולת ATP על מנת לבצע את פעולתם. אנזימי האמינואציל tRNA סינתטאז מתבססים גם הם על הידרוליזה של ATP (ראה תפקיד האנזים). באנזים יש ATP אתר קישור (<scene name='89/898979/Atp_binding_site_lys_531/1'>ATP אתר קישור - lys 531 </scene>). בסצנה זו ניתן לראות את האנזים בצבע חום ואת מולקולת ה tRNA בירוק. בנוסף ניתן לראות את אתר קישור ה ATP בסגול ומחובר לאתר הקישור שלו באנזים. | ||
Current revision
סינתטאז tRNA
| |||||||||||
