This old version of Proteopedia is provided for student assignments while the new version is undergoing repairs. Content and edits done in this old version of Proteopedia after March 1, 2026 will eventually be lost when it is retired in about June of 2026.
Apply for new accounts at the new Proteopedia. Your logins will work in both the old and new versions.
2x06 (Italian)
From Proteopedia
(New page: {{STRUCTURE_2x06 | PDB=2x06 | SCENE= }} {{Seed}} 200px <!-- The line below this paragraph, containing "STRUCTURE_2x06", creates the "Structure Box" on the page...) |
(New page: {{STRUCTURE_2x06 | PDB=2x06 | SCENE= }} {{Seed}} 200px <!-- The line below this paragraph, containing "STRUCTURE_2x06", creates the "Structure Box" on the page...) |
Current revision
| |||||||||
| 2x06, resolution 2.50Å () | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sites: | , , , , , , and | ||||||||
| Ligands: | |||||||||
| Non-Standard Residues: | |||||||||
| Activity: | (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase, with EC number 1.1.1.272 | ||||||||
| |||||||||
| |||||||||
| Resources: | FirstGlance, OCA, PDBsum, RCSB | ||||||||
| Coordinates: | save as pdb, mmCIF, xml | ||||||||
Sulfolactate Dehydrogenase di Methanocaldococcus jannaschii
La struttura nel cristallo della sulfolactate dehydrogenase dal archaeon ipertermofilo e metanogenico Methanocaldococcus jannaschii è stata risolta a una risoluzione di 2.5 A (PDB id. 1RFM). L'unità asimmetrica contiene un tetramero di dimeri stretti. Questa struttura, in complesso con NADH, non contiene un dominio di collegamento al cofattore con topologia 'Rossmann-fold'. Invece, le strutture terziari e quaternarie indicano un nuovo ripiegamento. Il NADH è legato in una conformazione stesa in ogni sito attivo, in una maniera che spiega la specificità pro-S. Il collegamento del cofattore implica residui che appartengono ad ambo le sub-unità che fanno parte dei dimeri stretti, che sono perciò le più piccole unità attive enzimaticamente. La proteina fu trovata per essere un omo-dimero in soluzione da cromatografia di esclusione di taglia, ultracentrifugazione analitica e diffusione di neutroni a piccoli angoli. Diverse molecole furono esaminate come sostrati putativi. I risultati indicano l'esistenza di un meccanismo di discriminazione di sostrato che comporta interazioni elettrostatiche. Basato su omologia di sequenza ed analisi filogenetiche, altri enzimi furono classificati come appartenendo a questa nuova famiglia di (S)-2-hydroxyacid dehydrogenasi omologhi.
Methanoarchaeal sulfolactate dehydrogenase: prototype of a new family of NADH-dependent enzymes., Irimia A, Madern D, Zaccai G, Vellieux FM, EMBO J. 2004 Mar 24;23(6):1234-44. Epub 2004 Mar 11. PMID:15014443
From MEDLINE®/PubMed®, a database of the U.S. National Library of Medicine.
Riassunto tradotto da MEDLINE®/PubMed®, una banca dati del U.S. National Library of Medicine.
A proposito di questa Struttura
2X06 è una struttura a 8 catene di sequenza di Methanocaldococcus jannaschii. Dalle informazioni cristallografiche completi sono disponibili su OCA.
Riferimento
- Irimia A, Madern D, Zaccai G, Vellieux FM. Methanoarchaeal sulfolactate dehydrogenase: prototype of a new family of NADH-dependent enzymes. EMBO J. 2004 Mar 24;23(6):1234-44. Epub 2004 Mar 11. PMID:15014443 doi:10.1038/sj.emboj.7600147
