Sandbox-hmmam
From Proteopedia
(→<div dir='rtl'>שימושים של הקומפלקס אבידין-ביוטן</div>) |
(→<div dir='rtl'>שימושים של הקומפלקס אבידין-ביוטן</div>) |
||
| Line 43: | Line 43: | ||
<div dir='rtl'>EMSA : היא שיטה נפוצה בביולוגיה מולקולרית המשמשת לחקר הקשר בין חלבונים לרצפי DNA או RNA. בעזרת השיטה ניתן לקבוע האם חלבון או אוסף חלבונים נקשר לרצף DNA או RNA (חומצת גרעין) מסוים ולעתים אף ניתן לקבוע האם יותר מחלבון אחד מעורב בקומפלקס הקישור. | <div dir='rtl'>EMSA : היא שיטה נפוצה בביולוגיה מולקולרית המשמשת לחקר הקשר בין חלבונים לרצפי DNA או RNA. בעזרת השיטה ניתן לקבוע האם חלבון או אוסף חלבונים נקשר לרצף DNA או RNA (חומצת גרעין) מסוים ולעתים אף ניתן לקבוע האם יותר מחלבון אחד מעורב בקומפלקס הקישור. | ||
השיטה מבוססת על הרצת החומרים הנבדקים דרך ג'ל למשך זמן קצר (כשעתיים עבור מקטע ג'ל באורך 20 ס"מ). המהירות שבה מולקולות שונות עוברות דרך ג'ל נקבעת על פי גודלן והמטען החשמלי שעליהן. רצועת הבקרה (בה מריצים חומצת גרעין עירומה) תראה פס במקום אליו הגיעה המולקולה ללא החלבון הנבדק. במידה והחלבון נקשר לחומצת הגרעין, הרצועה שבה הורץ החלבון, תראה פס גבוה יותר המשקף את המקום אליו הגיע הקומפלקס של החלבון יחד עם חומצת הגרעין. מכיוון שקומלפקס זה גדול יותר מחומצת גרעין עירומה הוא נע לאט יותר בג'ל ומגיע פחות רחוק ברצועה | השיטה מבוססת על הרצת החומרים הנבדקים דרך ג'ל למשך זמן קצר (כשעתיים עבור מקטע ג'ל באורך 20 ס"מ). המהירות שבה מולקולות שונות עוברות דרך ג'ל נקבעת על פי גודלן והמטען החשמלי שעליהן. רצועת הבקרה (בה מריצים חומצת גרעין עירומה) תראה פס במקום אליו הגיעה המולקולה ללא החלבון הנבדק. במידה והחלבון נקשר לחומצת הגרעין, הרצועה שבה הורץ החלבון, תראה פס גבוה יותר המשקף את המקום אליו הגיע הקומפלקס של החלבון יחד עם חומצת הגרעין. מכיוון שקומלפקס זה גדול יותר מחומצת גרעין עירומה הוא נע לאט יותר בג'ל ומגיע פחות רחוק ברצועה | ||
| + | </div> | ||
| + | <div dir='rtl'>תספיג חלבון : Western Blot : תספיג חלבון הוא שיטה לזיהוי חלבון מטרה בדוגמת חלבונים המופקת ממקורות מומסים שונים כגון נוזלים מן החי (סרום, פלזמה, שתן וכדומה) או ממבנים מן החי שעברו הומוגניזציה לשחרור הנוזלים הכלואים בהם (איברים בבעלי חיים, תאים מתרבית רקמה או מנוזלים ביולוגים וחיידקים). | ||
| + | לפי שיטה זו החלבונים מופרדים על גבי ג'ל באלקטרופורזה בהתאם למשקלם המולקולרי (בג'ל מצמית) או בהתאם למטענם החשמלי והמבנה המרחבי שלהם (בג'ל לא מצמית או תם). לאחר מכן מועברים החלבונים לקרום ניטרוצלולוז או PVDF על ידי הפעלת כוח חשמלי. גלוי החלבון נעשה על ידי נוגדן ייחודי לחלבון המטרה. הנוגדן מאפשר את גילוי החלבון על ידי תגובה כימית. | ||
</div> | </div> | ||
Revision as of 14:44, 28 February 2013
Contents |
אבידין
|
מבנה החלבון
האבידין הוא גליקופרוטאין , ומבנה כל אחת מהיחידות המרכיבות את האבידין הוא של חבית בטא (beta barrel), הבנויה משמונה אנטי-מקבילים ומעט סלילי אשר לא משפיעים על המבנה. האתר הפעיל של החלבון נמצא באזור הנקבובית של חבית הבטא. החלבון שמקורו בביצי תרנגולות מונה 128 חומצות אמינו, ו-10% ממשקלו מורכב מסוכר, עובדה שהופכת את החלבון למסיס מאוד. לחלבון זה נקודה איזואלקטרית הנמצאת בין pH 10–10.5.
דיאגרמת רמצ'נדראן של האבידין
ביוטן
האנטראקציה בין אבידין לביוטן
אבידין הוא חלבון המופק משני עופות ודו חיים, מה שמראה על אפיניות גבוהה לביוטן . לאבידין יש יכולת לקשור 4 מולקולות ביוטן כפי שמראה הציור למטה והאנטראקציה נחשבת לאידיאלית באסטרטגיות הזיהוי והניקוי של חלבונים וחומצות גרעין .
האפיניות של ביוטן להיקשר לאבידין היא מאוד גבוהה. במילים אחרות, הקישור בין הביוטן לרצפטורים של האבידין הוא מאוד חזק ואפילו בשטיפה של הקומפלקס שנוצר לא ניתן יהיה להפריד ביניהם.
שימושים של הקומפלקס אבידין-ביוטן
השיטה מבוססת על הרצת החומרים הנבדקים דרך ג'ל למשך זמן קצר (כשעתיים עבור מקטע ג'ל באורך 20 ס"מ). המהירות שבה מולקולות שונות עוברות דרך ג'ל נקבעת על פי גודלן והמטען החשמלי שעליהן. רצועת הבקרה (בה מריצים חומצת גרעין עירומה) תראה פס במקום אליו הגיעה המולקולה ללא החלבון הנבדק. במידה והחלבון נקשר לחומצת הגרעין, הרצועה שבה הורץ החלבון, תראה פס גבוה יותר המשקף את המקום אליו הגיע הקומפלקס של החלבון יחד עם חומצת הגרעין. מכיוון שקומלפקס זה גדול יותר מחומצת גרעין עירומה הוא נע לאט יותר בג'ל ומגיע פחות רחוק ברצועה
לפי שיטה זו החלבונים מופרדים על גבי ג'ל באלקטרופורזה בהתאם למשקלם המולקולרי (בג'ל מצמית) או בהתאם למטענם החשמלי והמבנה המרחבי שלהם (בג'ל לא מצמית או תם). לאחר מכן מועברים החלבונים לקרום ניטרוצלולוז או PVDF על ידי הפעלת כוח חשמלי. גלוי החלבון נעשה על ידי נוגדן ייחודי לחלבון המטרה. הנוגדן מאפשר את גילוי החלבון על ידי תגובה כימית.
רפרנסים
Bayer, E. A., Viswanatha, T., and Wilchek, M. (1975) The use of a homologous series of affinity labeling reagents in the study of the biotin transport system in yeast cells. FEBS Lett. 60, 309-312.
