This old version of Proteopedia is provided for student assignments while the new version is undergoing repairs. Content and edits done in this old version of Proteopedia after March 1, 2026 will eventually be lost when it is retired in about June of 2026.
Apply for new accounts at the new Proteopedia. Your logins will work in both the old and new versions.
Sandbox-hmmam
From Proteopedia
(→<div dir='rtl'>שימושים של הקומפלקס אבידין-ביוטן</div>) |
|||
| Line 14: | Line 14: | ||
==<div dir='rtl'>דיאגרמת רמצ'נדראן של האבידין</div>== | ==<div dir='rtl'>דיאגרמת רמצ'נדראן של האבידין</div>== | ||
| - | <div dir='rtl'>הדיאגרמה המצורפת הינה עבור חלבון האבידין. אפשר ע"פ הדיאגרמה לזהות שהמבנה השניוני של החלבון מורכב ברובו | + | <div dir='rtl'>הדיאגרמה המצורפת הינה עבור חלבון האבידין. אפשר ע"פ הדיאגרמה לזהות שהמבנה השניוני של החלבון מורכב ברובו ממשטחי ביטה וגם מורכב ממעט אלפא הילקס. בדיאגרמה ניתן לזהות שרוב חומצות האמיניות בחלבון נמצאות באיזור המותר למצב שניוני ביטא ומעט מאוד חומצות אמיניות בחלבון נמצאות באיזור המותר לאלפא הליקס. מצב זה תואם את מה שתואר על מבנה החלבון שמורכב מ 4 יחיודות (במקרה של טטראמר) או 2 יחידות (במקרה של דימיר), כאשר כל יחידה מורכת מחבית ביטא אשר מורכבת משמונה משטחי ביטא אנטי מקבילים. </div> |
[[Image:ramachandran.jpg|center|]] | [[Image:ramachandran.jpg|center|]] | ||
Current revision
Contents |
אבידין
|
מבנה החלבון
האבידין הוא גליקופרוטאין , ומבנה כל אחת מהיחידות המרכיבות את האבידין הוא של חבית בטא (beta barrel), הבנויה משמונה אנטי-מקבילים ומעט סלילי אשר לא משפיעים על המבנה. האתר הפעיל של החלבון נמצא באזור הנקבובית של חבית הבטא. החלבון שמקורו בביצי תרנגולות מונה 128 חומצות אמינו, ו-10% ממשקלו מורכב מסוכר, עובדה שהופכת את החלבון למסיס מאוד. לחלבון זה נקודה איזואלקטרית הנמצאת בין pH 10–10.5.
דיאגרמת רמצ'נדראן של האבידין
ביוטן
האנטראקציה בין אבידין לביוטן
אבידין הוא חלבון המופק משני עופות ודו חיים, מה שמראה על אפיניות גבוהה לביוטן . לאבידין יש יכולת לקשור 4 מולקולות ביוטן כפי שמראה הציור למטה והאנטראקציה נחשבת לאידיאלית באסטרטגיות הזיהוי והניקוי של חלבונים וחומצות גרעין .
האפיניות של ביוטן להיקשר לאבידין היא מאוד גבוהה. במילים אחרות, הקישור בין הביוטן לרצפטורים של האבידין הוא מאוד חזק ואפילו בשטיפה של הקומפלקס שנוצר לא ניתן יהיה להפריד ביניהם.
שימושים של הקומפלקס אבידין-ביוטן
השיטה מבוססת על הרצת החומרים הנבדקים דרך ג'ל למשך זמן קצר (כשעתיים עבור מקטע ג'ל באורך 20 ס"מ). המהירות שבה מולקולות שונות עוברות דרך ג'ל נקבעת על פי גודלן והמטען החשמלי שעליהן. רצועת הבקרה (בה מריצים חומצת גרעין עירומה) תראה פס במקום אליו הגיעה המולקולה ללא החלבון הנבדק. במידה והחלבון נקשר לחומצת הגרעין, הרצועה שבה הורץ החלבון, תראה פס גבוה יותר המשקף את המקום אליו הגיע הקומפלקס של החלבון יחד עם חומצת הגרעין. מכיוון שקומלפקס זה גדול יותר מחומצת גרעין עירומה הוא נע לאט יותר בג'ל ומגיע פחות רחוק ברצועה
לפי שיטה זו החלבונים מופרדים על גבי ג'ל באלקטרופורזה בהתאם למשקלם המולקולרי (בג'ל מצמית) או בהתאם למטענם החשמלי והמבנה המרחבי שלהם (בג'ל לא מצמית או תם). לאחר מכן מועברים החלבונים לקרום ניטרוצלולוז או PVDF על ידי הפעלת כוח חשמלי. גלוי החלבון נעשה על ידי נוגדן ייחודי לחלבון המטרה. הנוגדן מאפשר את גילוי החלבון על ידי תגובה כימית.
רפרנסים
Bayer, E. A., Viswanatha, T., and Wilchek, M. (1975) The use of a homologous series of affinity labeling reagents in the study of the biotin transport system in yeast cells. FEBS Lett. 60, 309-312.
