This old version of Proteopedia is provided for student assignments while the new version is undergoing repairs. Content and edits done in this old version of Proteopedia after March 1, 2026 will eventually be lost when it is retired in about June of 2026.
Apply for new accounts at the new Proteopedia. Your logins will work in both the old and new versions.
RuBisCO (Hebrew)
From Proteopedia
| Line 22: | Line 22: | ||
<br> | <br> | ||
מבנה הרוביסקו בנוי מ-598 <scene name='58/586572/Aa/1'>חומצות אמינו</scene>. | מבנה הרוביסקו בנוי מ-598 <scene name='58/586572/Aa/1'>חומצות אמינו</scene>. | ||
| - | החלבון בנוי <scene name='58/586572/Display_helix/2'> | + | החלבון בנוי <scene name='58/586572/Display_helix/2'>משרשראות אלפא הליקס</scene> רבות (מסומן בצהוב). |
<br> | <br> | ||
מבנה הרוביסקו הזה גובש מהצמח תרד [http://en.wikipedia.org/wiki/Spinach Spinacia oleracea]. המבנה כולל בתוכו גם את הסובסטרט הטבעי שלו - ריבולוז 1,5-ביפוספט (RuBP). המבנה של שניהם התגלה באמצעות [http://www.ruppweb.org/Xray/101index.html X-ray crystalography] ברזולוציות של 2.1 A ושל 2.4 A בהתאמה. | מבנה הרוביסקו הזה גובש מהצמח תרד [http://en.wikipedia.org/wiki/Spinach Spinacia oleracea]. המבנה כולל בתוכו גם את הסובסטרט הטבעי שלו - ריבולוז 1,5-ביפוספט (RuBP). המבנה של שניהם התגלה באמצעות [http://www.ruppweb.org/Xray/101index.html X-ray crystalography] ברזולוציות של 2.1 A ושל 2.4 A בהתאמה. | ||
Revision as of 10:05, 10 June 2014
רוביסקו
|
רוביסקו (ריבולוז-1,5-ביספוספט קרבוקסילאז/אוקסיגנאז) הוא האנזים הנפוץ ביותר בכדור הארץ. זהו האנזים המזרז את השלב הראשון במעגל קלווין כחלק מתהליך הפוטוסינתזה.
אנזים זה מעורב בקיבוע הפחמן, בתהליך זה פחמן דו-חמצני אטמוספרי מומר על ידי צמחים למולקולה עשירה באנרגיה, כמו גלוקוז. מבחינה כימית, הרוביסקו עושה קטליזה של הקרבוקסילציה של ריבולוז-1,5-ביפוספט (RuBP).
מבנה
בצמחים, אצות, ציאנובקטריה ופרוטאובקטריות (פוטוטרופיות וכמוטרופיות) הרוביסקו בדרך כלל בנוי משני תתי-יחידות, הנקראים Large-chain ו-Small chain.
גודל ה-Large chain הוא 55,000 Da וגודל ה- Small chain הוא 13,000 Da.
אתרי הקישור ל (ריבולוז 1,5-ביפוספט) ממוקמים בשרשרת הגדולה (Large chain) היוצרת דימרים, שבהם חומצות אמינו מכל שרשרת גדולה תורמות לאתר הקישור. שמונה שרשראות גדולות (=4 דימרים) ושמונה שרשראות קטנות (Small chain) יוצרים (בכחול- שרשראות גדולות, בצהוב- שרשראות קטנות) גדול של בערך 540,000 Da.
בכמה פרוטאובקטריות ודינופלגלות נמצאו אנזימים בעלי תת-יחידות גדולות בלבד.
מבנה הרוביסקו בנוי מ-598 .
החלבון בנוי רבות (מסומן בצהוב).
מבנה הרוביסקו הזה גובש מהצמח תרד Spinacia oleracea. המבנה כולל בתוכו גם את הסובסטרט הטבעי שלו - ריבולוז 1,5-ביפוספט (RuBP). המבנה של שניהם התגלה באמצעות X-ray crystalography ברזולוציות של 2.1 A ושל 2.4 A בהתאמה.
פעילות
הרוביסקו מוביל לשתי ריאקציות: קרבוקסילציה של ריבולוז-1,5-ביפוספט (האירוע העיקרי בפיקסציה של הפחמן הדן-חמצני) וגם לפרגמנטציה החמצנית של הסובסטרט פנטוז בתהליך הפוטורספירציה. שתי הריאקציות מתרחשות בו-זמנית ומתחרות על אותו אתר פעיל.
לצורך הפעילות האנזימטית של הרוביסקו יש צורך ביוני מגנזיום (Mg2+). מיקום נכון של יון המגנזיום באתר הפעיל מעורב בצירוף של מולקולת פחמן דו-חמצני "מפעילה" לחומצת האמינו ליזין (יצירת carbamate). פעילות זו יעילה יותר בסביבה בסיסית. רמת ה-pH וריכוז יוני המגנזיום עולים בחשיפה לקרינת השמש ובכך עולה רמת הפעילות של האנזים.
ההיסטוריה של המונח "רוביסקו"
המונח "רוביסקו" הומצא ב-1970 באופן הומוריסטי ע"י דייוויד אייזנברג, בסמינר לפרישתו המוקדמת של חוקר הרוביסקו סם וויילדמן (בדומה לחטיף "נביסטו") בהקשר לנסיונותיו של סם ליצור עלי טבקו אכילים.
References
http://www.uniprot.org/uniprot/P00875
http://www.ruppweb.org/Xray/101index.html
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1RCX
http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A4%D7%95%D7%98%D7%95%D7%A1%D7%99%D7%A0%D7%AA%D7%96%D7%94
Proteopedia Page Contributors and Editors (what is this?)
Saar Graidi, Daniel Yash, Shany Doron, Alexander Berchansky, Michal Harel
