Spike Protein (Hebrew)

מגפת הקורונה

בדצמבר 2019 , התפרץ לראשונה בעיר ווהן בסין נגיף קורונה חדש שנקרא SARS COV-2 , שהתפשט לרחבי העולם כולל ישראל , הנגיף גורם למחלה שנקראת COVID-19 =Coronavirus Disease-19,ארגון הבריאות העולמי (WHO) הכריז על המחלה כפנדמיה – מחלה כלל עולמית . תסמיני המחלה הם חום , שיעול יבש , כאבי גרון וקשיי נשימה במקרים החמורים .

SARS-COV-2 נגיף

נגיף הקורונה החדש שייך למשפחת וירוסי הקורונה , הוא נקרא בשם הזה על שם חלבוני הspike- דמויי הכתר או בלטינית קורונה , הבולטים על פני השטח שלו . חלבון זה הוא חיוני וקריטי לחדירת הוירוס לתא המאכסן שלו. SARS-COV-2 - COV חולק כ 80% מהגנום שלו עם נגיף הסארס וזהה כ 96% לנגיף הקורונה הנמצא בעטלפים BATCOV RaTG 13 , ייתכן שעטלפים העבירו אותו לבני האדם אך בין שני הנגיפים קיים הבדל גדול בגנום באזורים הקשורים ליכולת ההדבקה , דבר זה מרמז על כך שנגיף העטלף הזה לא הדביק ישירות בני אדם אלא הועבר לבני אדם דרך מארח ביניים ^[1].

איור 1 – נגיף הקורונה נקרא על שם חלבונים שמעניקים לו מראה של כתר. אילוסטרציה של נגיף הקורונה KTSDesign, SPL

נגיף הקורונה שייך למשפחת נגיפי ה RNA , הגנום שלו מורכב ממולקולת RNA גדילית המקודדת ל 10 גנים המייצרים בסופו של דבר 26 חלבונים האחראיים על התרבות הנגיף בתא המאכסן , ישנם חלבונים לא מבניים כמו RNA POLYMERASE וחלבונים מבניים כמו חלבון הספייק שמשמש לחדירת הנגיף לתא המאכסן בנוסף לחלבון נוקלאופרוטאין האורז את הגנום ושניים אחרים הקשורים לקרום ^[2]. קצב הצטברות המוטציות אצל נגיפי ה RNA נחשב לגבוה יחסית הצטברות מוטצית אלה יכולה להוביל לשינוי במבנה המעטפת של נגיף הקורונה כלומר הנגיף מחליף זהות דבר אשר עלול לפגוע ביעילות החיסונים המפותחים כנגד וירוס זה .

SARS-COV-2 מחזור התרבות נגיף

תאי המטרה של וירוס SARS-COV-2 הינם תאי מערכת הנשימה , הוירוס מתאים את עצמו לתאי המטרה שלו באמצעות ח חלבון ה SPIKE שלו שנקשר לרצפטור ההומני ACE2 הנמצא על גבי שטח קרום תאי מערכת הנשימה שלבי התרבות הנגיף בתא המאכסן
1)חדירה לתא המאכסן נעשה באמצעות חלבון ה SPIKE חלבון ה SPIKE חיוני לפעילות הנגיף, ומשמש אותו לחדירה לתאי המטרה שלו במערכת הנשימה. בעזרת חלבון ה SPIKE נקשר הנגיף לתאי המטרה שלו על ידי קישור לרצפטור שנקרא ACE2 הנמצא על גבי תאי המטרה. מחקרים אחרונים פיענחו את המבנה של החלבון ומצאו שחלבון ה SPIKE כולל שני רכיבים : תת-יחידה S1 המכילה אזור שמזהה ונקשר לקולטן ACE2 שנמצא על פני התא המודבק; ותת-יחידה S2, המכילה מקטע שעוזר לנגיף להיכנס לתוך התא, על ידי כך שהקרום שעוטף אותו מתאחה עם קרום התא. לאחר ש-S1מבצע את פעולתו ונקשר לקולטן ACE2, חלבון ה-Spike נחתך, וכך נחשף אזור ה-S2, הפועל לאיחוי של קרום הנגיף עם קרום התא המודבק. לנגיף הקורונה יכולת הסתגלות למינים חדשים וזה נובע מהמבנה של חלבון ה SPIKE , באמצעות שינויים במבנה החלבון, הנגיף יכול להסתיר או לחשוף אזורים הנקשרים לתא שאליו הוא חודר . כאשר חודר הנגיף לתאי מערכת הנשימה באדם הוא גורם למחלת COVID 19 (מחלת הקורונה) המאופיינת בקשיי נשימה ושיעול ועלייה בחום הגוף .

חלבון ספייק נקשר על פני הקולטן של התא המודבק אילוסטרציה של מבנה הקולטן Ramon Andrade 3Dciencia, SPL

2)שחרור החומר הגנטי הוירוסי בתא המאכסן

נגיף הקורונה הוא נגיף מסוג RNA. כלומר הגנום שלו מורכב במולקולת RNA, ולא במולקולות DNA, כמו הגנום שלנו ושל כל בעלי החיים, הצמחים וגם החיידקים. כשבוע לאחר שהנגיף תועד לראשונה קבעו חוקרים את רצף ה- RNA שלו. בעוד שהגנום של האדם מורכב מלמעלה משלושה מיליארד "אותיות" או בסיסי DNA, הגנום של הנגיף מכיל פחות מ- 30,000 אותיות גנטיות ומספר קטן של גנים. לאחר שהנגיף נכנס לתוך התא, הוא משחרר קטע של חומר גנטי בצורת RNA.

3)הרכבת נגיפים חדשים

מכונות התא מתחילות לייצר בקצב מהיר עוד ועוד RNA נגיפי וחלבונים נגיפיים, ואלו מורכבים יחדיו ליצירת עותקים שלמים של הנגיף. העותקים החדשים נישאים לשוליים החיצוניים של התא, ויכולים לצאת ממנו במטרה להדביק תאים נוספים.

4)שחרור הנגיפים החדשים מהתא המאכסן

השלב האחרון של השכפול הויראלי הוא שחרור עותקי הנגיף החדשים המיוצרים בתא המארח. כל תא נגוע יכול לשחרר מיליוני עותקים של הנגיף לפני שהוא מתפרק לבסוף ומת. נגיפים מסוימים משתחררים כאשר התא המארח מת, ואילו נגיפים אחרים יכולים יכולים להשתחרר דרך קרום התא מבלי להרוג אותו ישירות. לאחר יציאת הנגיפים מהתא הנגוע, הם עשויים להדביק תאים סמוכים ולחזור על מחזור השכפול. שיעול והתעטשות עלולים להפיץ ליחה מלאה נגיפים מדרכי הנשימה על אנשים ומשטחים סמוכים, שם הנגיף יכול להישאר בעל יכולת הדבקה במשך מספר שעות עד מספר ימים.

פוטנציאל חלבון הספייק בפיתוח חיסונים ותרופות למחלה

Structural highlights

This is a sample scene created with SAT to by Group, and another to make of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes. .