DD-transpeptidase (Hebrew)
From Proteopedia
(Difference between revisions)
| Line 4: | Line 4: | ||
===<div style="text-align:right;direction:rtl;">'''מבוא'''</div>=== | ===<div style="text-align:right;direction:rtl;">'''מבוא'''</div>=== | ||
<p dir='rtl'> | <p dir='rtl'> | ||
| - | טרנספפטידאז (D-alanyl-D-alanine Peptidase) הוא אנזים חיידקי המעורב בתהליך הסינתזה של דופן התא בחיידקים. הסובסטראט של אנזים זה | + | טרנספפטידאז (D-alanyl-D-alanine Peptidase) הוא אנזים חיידקי המעורב בתהליך הסינתזה של דופן התא בחיידקים. הסובסטראט של אנזים זה הוא דופן תא החיידק, הבנויה משרשראות ארוכות של [https://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A4%D7%A4%D7%98%D7%99%D7%93%D7%95%D7%92%D7%9C%D7%99%D7%A7%D7%9F פפטידוגליקן] המחוברות זו לזו בקשר פפטידי ליצירת מבנה יציב וקשיח. אנטיביוטיקה מסוג בטא-לקטאם (לדוגמה: [https://www.hamichlol.org.il/%D7%A4%D7%A0%D7%99%D7%A6%D7%99%D7%9C%D7%99%D7%9F פניצילין]) מעכבת באופן תחרותי ובלתי הפיך את האנזים, כך שנוצרת דופן פגומה, החיידק אינו עמיד בלחצים אוסמוטיים וכתוצאה מכך התא מתפוצץ והחיידק מת. |
</p> | </p> | ||
<br> | <br> | ||
| Line 10: | Line 10: | ||
===<div style="text-align:right;direction:rtl;">'''מבנה החלבון'''</div>=== | ===<div style="text-align:right;direction:rtl;">'''מבנה החלבון'''</div>=== | ||
<p dir='rtl'> | <p dir='rtl'> | ||
| - | גודל [https://www.youtube.com/watch?v=aFwOfiPlSdc האנזים] טרנספפטידאז הוא 37.5 קילו דלתון והוא בנוי מ406 [https://www.youtube.com/watch?v=gpu2AUW4S5g&ab_channel=ComGeek חומצות אמינו]. בדגם שגובש ומוצג בערך זה יש את <scene name='89/898977/Amino_acids/2'>347 חומצות האמינו</scene> המייצגות את החלבון הפעיל (עמדות 32-380) <ref name="PDB">[https://www.rcsb.org/structure/3PTE PDB]</ref>. המקטע שלא גובש כולל שרשרת פפטידית של 31 חומצות אמינו (1-31) הנחתכת מהחלבון לאחר שהוא מגיע ליעדו בדופן התא, ועוד מקטע של 26 חומצות אמינו (381-406) הנחתך מהחלבון לאחר אקטיבציה<ref name="UNIPROT">[https://www.uniprot.org/uniprot/P15555 UNIPROT]</ref>. 60% מהחלבון מורכב משרשראות פוליפפטידיות בעלות [https://youtu.be/K2bCx3xQeJE?t=87 מבנה שניוני] (<scene name='89/898977/Secondary_structures/1'>סלילי אלפא ומשטחי בטא</scene>). האתר הפעיל של האנזים נוצר ע"י 4 חומצות אמינו בסיסיות ועוד 4 חומצות אמינו ארומטיות כאשר סרין במיקום 62 היא החומצה האמינית אשר קושרת אליה את הסובסטרט<ref name="PUBMED">[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7490745/ The refined crystallographic structure of a DD-peptidase penicillin-target enzyme at 1.6 A resolution]</ref>. | + | גודל [https://www.youtube.com/watch?v=aFwOfiPlSdc האנזים] טרנספפטידאז הוא 37.5 קילו דלתון והוא בנוי מ406 [https://www.youtube.com/watch?v=gpu2AUW4S5g&ab_channel=ComGeek חומצות אמינו]. בדגם שגובש ומוצג בערך זה יש את <scene name='89/898977/Amino_acids/2'>347 חומצות האמינו</scene> (בסצנה שלפניכם כל חומצה אמינית מיוצגת בצבע אחר) המייצגות את החלבון הפעיל (עמדות 32-380) <ref name="PDB">[https://www.rcsb.org/structure/3PTE PDB]</ref>. המקטע שלא גובש כולל שרשרת פפטידית של 31 חומצות אמינו (1-31) הנחתכת מהחלבון לאחר שהוא מגיע ליעדו בדופן התא, ועוד מקטע של 26 חומצות אמינו (381-406) הנחתך מהחלבון לאחר אקטיבציה<ref name="UNIPROT">[https://www.uniprot.org/uniprot/P15555 UNIPROT]</ref>. 60% מהחלבון מורכב משרשראות פוליפפטידיות בעלות [https://youtu.be/K2bCx3xQeJE?t=87 מבנה שניוני] (<scene name='89/898977/Secondary_structures/1'>סלילי אלפא ומשטחי בטא</scene>). האתר הפעיל של האנזים נוצר ע"י 4 חומצות אמינו בסיסיות ועוד 4 חומצות אמינו ארומטיות כאשר סרין במיקום 62 היא החומצה האמינית אשר קושרת אליה את הסובסטרט<ref name="PUBMED">[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7490745/ The refined crystallographic structure of a DD-peptidase penicillin-target enzyme at 1.6 A resolution]</ref>. |
</p> | </p> | ||
<br> | <br> | ||
Revision as of 07:44, 25 January 2022
טרנספפטידאז
| |||||||||||
ביבליוגרפיה
- ↑ PDB
- ↑ UNIPROT
- ↑ The refined crystallographic structure of a DD-peptidase penicillin-target enzyme at 1.6 A resolution
- ↑ Wikipedia: DD-transpeptidase
- ↑ 5.0 5.1 כהנא, אורה. חיידקים ונגיפים בגוף האדם, 2016
- ↑ 6.0 6.1 A mechanism-based inhibitor targeting the DD-transpeptidase activity of bacterial penicillin-binding proteins
- ↑ ויקיפדיה: פניצילין
- ↑ ויקיפדיה: לקטאם
