2mad (Italian)
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===LA STRUTTURA DEL SITO ATTIVO DELLA METHYLAMINE DEHYDROGENASE: IDRAZINI IDENTIFICANO C6 COME IL LUOGO REATTIVO DEL QUINONE COFATTORE, DERIVATO DA UN TRYPTOPHAN=== | ===LA STRUTTURA DEL SITO ATTIVO DELLA METHYLAMINE DEHYDROGENASE: IDRAZINI IDENTIFICANO C6 COME IL LUOGO REATTIVO DEL QUINONE COFATTORE, DERIVATO DA UN TRYPTOPHAN=== | ||
| - | Noi abbiamo determinato le struttura cristallografica della methylamine dehydrogenase (MADH) di ''Thiobacillus versutus'' inibita da methylhydrazine e da (2,2,2-trifluoroethyl)hydrazine per identificare la parte reattiva del gruppo ortoquinone del cofattore derivato dal tryptophan presente nella MADH. Dalla densità elettronica addizionale, legata a C6 del tryptophyl tryptophanquinone | + | Noi abbiamo determinato le struttura cristallografica della methylamine dehydrogenase (MADH) di ''Thiobacillus versutus'' inibita da methylhydrazine e da (2,2,2-trifluoroethyl)hydrazine per identificare la parte reattiva del gruppo ortoquinone del cofattore derivato dal tryptophan presente nella MADH. Dalla densità elettronica addizionale, legata a C6 del cofattore tryptophyl tryptophanquinone, dimostra che questo atomo e non il C7 è la parte reattiva della metà del gruppo orto-quinone. La densità rimasta dopo l'inibizione dell'hydrazine è molta meno estesa che aspettata, suggerendo che quel guasto parziale degli inibitori dopo la reazione col cofattore può succedere comunque. Una descrizione dettagliata è presentata dell'vicinato del cofattore in un modello migliorato della MADH dal quale ora include informazioni dalla sequenza del gene (recentemente determinata ) della sub-unità che contiene il cofattore [Ubbink, M., van Kleef, M.A.G., Kleinjan, D., Hoitink, C.W.G., Huitema, F., Beintema, J.J., Duine, J.A., & Canters, G.W. (1991) ''Eur. J. Biochem.'' '''202''', 1003-1012]. Noi facciamo l'ipotesi che Asp76 è responsabile per l'estrazione di protone dall'alfa-carbone del sostrato durante la catalisi. |
Riassunto tradotto da MEDLINE®/PubMed®, una banca dati del U.S. National Library of Medicine. | Riassunto tradotto da MEDLINE®/PubMed®, una banca dati del U.S. National Library of Medicine. | ||
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===STRUTTURA DELLA QUINOPROTEINA METHYLAMINE DEHYDROGENASE AD UNA RISOLUZIONE DI 2.25 A=== | ===STRUTTURA DELLA QUINOPROTEINA METHYLAMINE DEHYDROGENASE AD UNA RISOLUZIONE DI 2.25 A=== | ||
| - | La struttura tridimensionale della methylamine dehydrogenase dal ''Thiobacillus versutus'' è stata determinata a una risoluzione di 2.25 A, da una combinazione di sostituzione isomorfa multipla, estenzione di fase con appiattimento del solvente, e calcolo delle fasi usando strutture parziale dopo affinamento con dinamica molecolare. Nella mappa risultante, le catene di polipeptidi potrebbe essere seguito per ambo le sub-unità, ed una sequenza | + | La struttura tridimensionale della methylamine dehydrogenase dal ''Thiobacillus versutus'' è stata determinata a una risoluzione di 2.25 A, da una combinazione di sostituzione isomorfa multipla, estenzione di fase con appiattimento del solvente, e calcolo delle fasi usando strutture parziale dopo affinamento con dinamica molecolare. Nella mappa risultante, le catene di polipeptidi potrebbe essere seguito per ambo le sub-unità, ed una sequenza agli raggi X fu stabilita. L'enzima tetramerica, fece su di due sub-unità pesante (H) e due sub-unità leggeri (L), è un parallellepipedo piatto con dimensioni di approssimativamente 76 x 61 x 45 A. La sub-unità H, mentre comprendendo 370 residui, è fatta su di due segmenti distinti: i primi 31 residui formano un'estensione che abbraccia una delle sub-unità L; i residui rimanenti sono trovati in un dominio a forma di disco. Questo dominio è formato da una sistemazione circolare di sette beta-fogli antiparalleli a quattro fili ciascuno di topologia identica, con simmetria approssimativa di ordine 7. Nonostante le differenze distinte, questa sistemazione ricorda la struttura trovata nella neuraminidase del virus dell'influenza. La sub-unità L consiste di 121 residui, 53 di questi formano un ponteggio di beta-fogli fatto da un foglio centrale antiparallelo a tre fili, affiancato da due fogli antiparalleli a due fili più corti. I residui rimanenti sono trovati in segmenti di struttura irregolare. Questa sub-unità è stabilizzata da sei ponti di disolfuro, più due ponti covalenti che comportano il quinone cofattore e i residui 57 e 107 di questa sub-unità. Il sito attivo è localizzato in un canale alla regione di interfaccia tra le sub-unità H ed L, e la densità elettronica in questa parte della molecola suggerisce che il cofattore di questa enzima non è il pyrrolo quinoline quinone (PQQ) stesso, ma sarebbe invece un precursore di PQQ. |
Riassunto tradotto da MEDLINE®/PubMed®, una banca dati del U.S. National Library of Medicine. | Riassunto tradotto da MEDLINE®/PubMed®, una banca dati del U.S. National Library of Medicine. | ||
==A proposito di questa Struttura== | ==A proposito di questa Struttura== | ||
| - | 2MAD è una struttura a 2 catene di sequenze di [http://en.wikipedia.org/wiki/Paracoccus_versutus Paracoccus versutus]. Questa struttura sostituisce l'entrata | + | 2MAD è una struttura a 2 catene di sequenze di [http://en.wikipedia.org/wiki/Paracoccus_versutus Paracoccus versutus]. Questa struttura sostituisce l'entrata dell'PDB ora remota [http://oca.weizmann.ac.il/oca-bin/send-pdb?obs=1&id=1mad 1mad]. Dalle informazioni cristallografiche completi sono disponibili su [http://oca.weizmann.ac.il/oca-bin/ocashort?id=2MAD OCA]. |
==Riferimenti== | ==Riferimenti== | ||
Revision as of 21:44, 23 November 2009
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| 2mad, resolution 2.25Å () | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Non-Standard Residues: | |||||||||
| Activity: | Amine dehydrogenase, with EC number 1.4.99.3 | ||||||||
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| Resources: | FirstGlance, OCA, PDBsum, RCSB | ||||||||
| Coordinates: | save as pdb, mmCIF, xml | ||||||||
Contents |
LA STRUTTURA DEL SITO ATTIVO DELLA METHYLAMINE DEHYDROGENASE: IDRAZINI IDENTIFICANO C6 COME IL LUOGO REATTIVO DEL QUINONE COFATTORE, DERIVATO DA UN TRYPTOPHAN
Noi abbiamo determinato le struttura cristallografica della methylamine dehydrogenase (MADH) di Thiobacillus versutus inibita da methylhydrazine e da (2,2,2-trifluoroethyl)hydrazine per identificare la parte reattiva del gruppo ortoquinone del cofattore derivato dal tryptophan presente nella MADH. Dalla densità elettronica addizionale, legata a C6 del cofattore tryptophyl tryptophanquinone, dimostra che questo atomo e non il C7 è la parte reattiva della metà del gruppo orto-quinone. La densità rimasta dopo l'inibizione dell'hydrazine è molta meno estesa che aspettata, suggerendo che quel guasto parziale degli inibitori dopo la reazione col cofattore può succedere comunque. Una descrizione dettagliata è presentata dell'vicinato del cofattore in un modello migliorato della MADH dal quale ora include informazioni dalla sequenza del gene (recentemente determinata ) della sub-unità che contiene il cofattore [Ubbink, M., van Kleef, M.A.G., Kleinjan, D., Hoitink, C.W.G., Huitema, F., Beintema, J.J., Duine, J.A., & Canters, G.W. (1991) Eur. J. Biochem. 202, 1003-1012]. Noi facciamo l'ipotesi che Asp76 è responsabile per l'estrazione di protone dall'alfa-carbone del sostrato durante la catalisi.
Riassunto tradotto da MEDLINE®/PubMed®, una banca dati del U.S. National Library of Medicine.
STRUTTURA DELLA QUINOPROTEINA METHYLAMINE DEHYDROGENASE AD UNA RISOLUZIONE DI 2.25 A
La struttura tridimensionale della methylamine dehydrogenase dal Thiobacillus versutus è stata determinata a una risoluzione di 2.25 A, da una combinazione di sostituzione isomorfa multipla, estenzione di fase con appiattimento del solvente, e calcolo delle fasi usando strutture parziale dopo affinamento con dinamica molecolare. Nella mappa risultante, le catene di polipeptidi potrebbe essere seguito per ambo le sub-unità, ed una sequenza agli raggi X fu stabilita. L'enzima tetramerica, fece su di due sub-unità pesante (H) e due sub-unità leggeri (L), è un parallellepipedo piatto con dimensioni di approssimativamente 76 x 61 x 45 A. La sub-unità H, mentre comprendendo 370 residui, è fatta su di due segmenti distinti: i primi 31 residui formano un'estensione che abbraccia una delle sub-unità L; i residui rimanenti sono trovati in un dominio a forma di disco. Questo dominio è formato da una sistemazione circolare di sette beta-fogli antiparalleli a quattro fili ciascuno di topologia identica, con simmetria approssimativa di ordine 7. Nonostante le differenze distinte, questa sistemazione ricorda la struttura trovata nella neuraminidase del virus dell'influenza. La sub-unità L consiste di 121 residui, 53 di questi formano un ponteggio di beta-fogli fatto da un foglio centrale antiparallelo a tre fili, affiancato da due fogli antiparalleli a due fili più corti. I residui rimanenti sono trovati in segmenti di struttura irregolare. Questa sub-unità è stabilizzata da sei ponti di disolfuro, più due ponti covalenti che comportano il quinone cofattore e i residui 57 e 107 di questa sub-unità. Il sito attivo è localizzato in un canale alla regione di interfaccia tra le sub-unità H ed L, e la densità elettronica in questa parte della molecola suggerisce che il cofattore di questa enzima non è il pyrrolo quinoline quinone (PQQ) stesso, ma sarebbe invece un precursore di PQQ.
Riassunto tradotto da MEDLINE®/PubMed®, una banca dati del U.S. National Library of Medicine.
A proposito di questa Struttura
2MAD è una struttura a 2 catene di sequenze di Paracoccus versutus. Questa struttura sostituisce l'entrata dell'PDB ora remota 1mad. Dalle informazioni cristallografiche completi sono disponibili su OCA.
Riferimenti
- Huizinga EG, van Zanten BA, Duine JA, Jongejan JA, Huitema F, Wilson KS, Hol WG. Active site structure of methylamine dehydrogenase: hydrazines identify C6 as the reactive site of the tryptophan-derived quinone cofactor. Biochemistry. 1992 Oct 13;31(40):9789-95. PMID:1390754
- Vellieux FM, Huitema F, Groendijk H, Kalk KH, Jzn JF, Jongejan JA, Duine JA, Petratos K, Drenth J, Hol WG. Structure of quinoprotein methylamine dehydrogenase at 2.25 A resolution. EMBO J. 1989 Aug;8(8):2171-8. PMID:2792083
- Vellieux FM, Frank J, Swarte MB, Groendijk H, Duine JA, Drenth J, Hol WG. Purification, crystallization and preliminary X-ray investigation of quinoprotein methylamine dehydrogenase from Thiobacillus versutus. Eur J Biochem. 1986 Jan 15;154(2):383-6. PMID:3943535
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