RuBisCO (Hebrew)
From Proteopedia
| Line 17: | Line 17: | ||
גודל ה-Large chain הוא 55,000 Da וגודל ה- Small chain הוא 13,000 Da. | גודל ה-Large chain הוא 55,000 Da וגודל ה- Small chain הוא 13,000 Da. | ||
<br> | <br> | ||
| - | + | מיקום <scene name='58/586572/Ligand/7'>הסובסטרט</scene> ( ריבולוז 1,5-ביפוספט) (באדום) ממוקם בשרשרת הגדולה (Large chain) היוצרת דימרים, שבהם חומצות אמינו מכל שרשרת גדולה תורמות לאתר הקישור. שמונה שרשראות גדולות (=4 דימרים) ושמונה שרשראות קטנות (Small chain) יוצרים <scene name='46/463261/Rubisco_spacefill_holoenzyme/1'>קומפלקס</scene> (בכחול- שרשראות גדולות, בצהוב- שרשראות קטנות) גדול של בערך 540,000 Da. | |
<br> | <br> | ||
בכמה פרוטאובקטריות ודינופלגלות נמצאו אנזימים בעלי תת-יחידות גדולות בלבד. | בכמה פרוטאובקטריות ודינופלגלות נמצאו אנזימים בעלי תת-יחידות גדולות בלבד. | ||
| Line 24: | Line 24: | ||
החלבון בנוי <scene name='58/586572/Display_helix/2'>משרשראות אלפא הליקס</scene> רבות (מסומן בצהוב). | החלבון בנוי <scene name='58/586572/Display_helix/2'>משרשראות אלפא הליקס</scene> רבות (מסומן בצהוב). | ||
<br> | <br> | ||
| - | מבנה הרוביסקו הזה גובש מהצמח תרד [http://en.wikipedia.org/wiki/Spinach Spinacia oleracea]. המבנה כולל בתוכו גם את הסובסטרט הטבעי שלו - ריבולוז 1,5-ביפוספט (RuBP). המבנה של שניהם התגלה באמצעות [http:// | + | מבנה הרוביסקו הזה גובש מהצמח תרד [http://en.wikipedia.org/wiki/Spinach Spinacia oleracea]. המבנה כולל בתוכו גם את הסובסטרט הטבעי שלו - ריבולוז 1,5-ביפוספט (RuBP). המבנה של שניהם התגלה באמצעות [http://davidson.weizmann.ac.il/online/askexpert/life_sci/%D7%9E%D7%94%D7%99-%D7%A7%D7%A8%D7%99%D7%A1%D7%98%D7%9C%D7%95%D7%92%D7%A8%D7%A4%D7%99%D7%94-%D7%95%D7%9B%D7%99%D7%A6%D7%93-%D7%94%D7%99%D7%90-%D7%A7%D7%A9%D7%95%D7%A8%D7%94-%D7%9C%D7%9E%D7%A6%D7%99%D7%90%D7%AA-%D7%9E%D7%91%D7%A0%D7%94-%D7%94%D7%A8%D7%99%D7%91%D7%95%D7%96%D7%95%D7%9D-%D7%90%D7%99%D7%AA%D7%9D קריסטלוגרפיה] ברזולוציות של 2.1 A ושל 2.4 A בהתאמה. |
<br> | <br> | ||
Revision as of 11:01, 10 June 2014
רוביסקו
|
רוביסקו (ריבולוז-1,5-ביספוספט קרבוקסילאז/אוקסיגנאז) הוא האנזים הנפוץ ביותר בכדור הארץ. זהו האנזים המזרז את השלב הראשון במעגל קלווין כחלק מתהליך הפוטוסינתזה.
אנזים זה מעורב בקיבוע הפחמן, בתהליך זה פחמן דו-חמצני אטמוספרי מומר על ידי צמחים למולקולה עשירה באנרגיה, כמו גלוקוז. מבחינה כימית, הרוביסקו עושה קטליזה של הקרבוקסילציה של ריבולוז-1,5-ביפוספט (RuBP).
מבנה
בצמחים, אצות, ציאנובקטריה ופרוטאובקטריות (פוטוטרופיות וכמוטרופיות) הרוביסקו בדרך כלל בנוי משני תתי-יחידות, הנקראים Large-chain ו-Small chain.
גודל ה-Large chain הוא 55,000 Da וגודל ה- Small chain הוא 13,000 Da.
מיקום ( ריבולוז 1,5-ביפוספט) (באדום) ממוקם בשרשרת הגדולה (Large chain) היוצרת דימרים, שבהם חומצות אמינו מכל שרשרת גדולה תורמות לאתר הקישור. שמונה שרשראות גדולות (=4 דימרים) ושמונה שרשראות קטנות (Small chain) יוצרים (בכחול- שרשראות גדולות, בצהוב- שרשראות קטנות) גדול של בערך 540,000 Da.
בכמה פרוטאובקטריות ודינופלגלות נמצאו אנזימים בעלי תת-יחידות גדולות בלבד.
מבנה הרוביסקו בנוי מ-598 .
החלבון בנוי רבות (מסומן בצהוב).
מבנה הרוביסקו הזה גובש מהצמח תרד Spinacia oleracea. המבנה כולל בתוכו גם את הסובסטרט הטבעי שלו - ריבולוז 1,5-ביפוספט (RuBP). המבנה של שניהם התגלה באמצעות קריסטלוגרפיה ברזולוציות של 2.1 A ושל 2.4 A בהתאמה.
פעילות
הרוביסקו מוביל לשתי ריאקציות: קרבוקסילציה של ריבולוז-1,5-ביפוספט (האירוע העיקרי בפיקסציה של הפחמן הדן-חמצני) וגם לפרגמנטציה החמצנית של הסובסטרט פנטוז בתהליך הפוטורספירציה. שתי הריאקציות מתרחשות בו-זמנית ומתחרות על אותו אתר פעיל.
לצורך הפעילות האנזימטית של הרוביסקו יש צורך ביוני מגנזיום (Mg2+). מיקום נכון של יון המגנזיום באתר הפעיל מעורב בצירוף של מולקולת פחמן דו-חמצני "מפעילה" לחומצת האמינו ליזין (יצירת carbamate). פעילות זו יעילה יותר בסביבה בסיסית. רמת ה-pH וריכוז יוני המגנזיום עולים בחשיפה לקרינת השמש ובכך עולה רמת הפעילות של האנזים.
ההיסטוריה של המונח "רוביסקו"
המונח "רוביסקו" הומצא ב-1970 באופן הומוריסטי ע"י דייוויד אייזנברג, בסמינר לפרישתו המוקדמת של חוקר הרוביסקו סם וויילדמן (בדומה לחטיף "נביסטו") בהקשר לנסיונותיו של סם ליצור עלי טבקו אכילים.
References
http://www.uniprot.org/uniprot/P00875
http://www.ruppweb.org/Xray/101index.html
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1RCX
http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A4%D7%95%D7%98%D7%95%D7%A1%D7%99%D7%A0%D7%AA%D7%96%D7%94
Proteopedia Page Contributors and Editors (what is this?)
Saar Graidi, Daniel Yash, Shany Doron, Alexander Berchansky, Michal Harel
