BamHI (Hebrew)
From Proteopedia
| Line 22: | Line 22: | ||
כשהאנזים BamHI נקשר למולקולת DNA הוא עובר סדרה של שינויים מבניים ייחודיים. השינוי העיקרי כרוך בסליל α בקצה הקרבוקסילי של כל תת-יחידה. בצורת האנזים החופשי שאינו קשור ל DNA, אזורים אלה מסודרים, אך עם קשירת ה-DNA הסלילים הללו מתפרקים, ומקבלים מבנה משני סלילי לא מסודר חלקית, המכונה זרוע, דבר שגורם להתאמה בין ה DNA והאנזים. | כשהאנזים BamHI נקשר למולקולת DNA הוא עובר סדרה של שינויים מבניים ייחודיים. השינוי העיקרי כרוך בסליל α בקצה הקרבוקסילי של כל תת-יחידה. בצורת האנזים החופשי שאינו קשור ל DNA, אזורים אלה מסודרים, אך עם קשירת ה-DNA הסלילים הללו מתפרקים, ומקבלים מבנה משני סלילי לא מסודר חלקית, המכונה זרוע, דבר שגורם להתאמה בין ה DNA והאנזים. | ||
שינוי נוסף המתרחש עם קישור BamHI-DNA הוא שינוי במבנה הרבעוני של האנזים. פעולה זו "מצמידה" את ה-DNA לאנזים וגורמת ליצור מגעים רבים עם עמוד השדרה של ה DNA (השרשראות של הסוכרים). | שינוי נוסף המתרחש עם קישור BamHI-DNA הוא שינוי במבנה הרבעוני של האנזים. פעולה זו "מצמידה" את ה-DNA לאנזים וגורמת ליצור מגעים רבים עם עמוד השדרה של ה DNA (השרשראות של הסוכרים). | ||
| - | אנזים BamH1 מזהה הרצף הדו גדילי 3 -GGATCC-5 ונקשר איליו ומבקע הרצפים האלה אחרי הנוקלאוטיד 5-גאונין בכל גדיל ( G|GATCC) ,ע"י פירוק הקשר הפוספו-דיאסתירי בינו לבין | + | אנזים BamH1 מזהה הרצף הדו גדילי 3 -GGATCC-5 ונקשר איליו ומבקע הרצפים האלה אחרי הנוקלאוטיד 5-גאונין בכל גדיל ( G|GATCC) ,ע"י פירוק הקשר הפוספו-דיאסתירי בינו לבין הגאונין שאחריו, חיתוך זה נקרא חיתוך מדורג. כתוצאה מכך ייווצרו [https://images.nagwa.com/figures/explainers/756143219780/2.svg קצוות דביקים] אורכם 4 נוקלאוטידים שיש להם נטייה להיצמד לחד גדילי בעל רצף משלים. |
</p> | </p> | ||
== Relevance == | == Relevance == | ||
Revision as of 09:11, 14 January 2022
Contents |
BamHI אנזים חיתוך
This is a default text for your page BamHI (Hebrew). Click above on edit this page to modify. Be careful with the < and > signs. You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia [1] or to the article describing Jmol [2] to the rescue.
מבוא
BamH1 הוא אנזים הגבלה השייך לקבוצה גדולה של אנזימי חיתוך שהם אנזימים מסוגלים לחתוך DNA באזורים מסוימים. אנזימי ההגבלה הינם אנדונוקלאזות (כלומר חותכים בתוך מולקולות DNA), בניגוד לקבוצת אנזימי חיתוך DNA אחרים הקרויים אקסונוקלאזות המעכלים מקטעי DNA לינארים מקצוותיהם. אנזימי הגבלה, כמו כל אנזים אחר, ייחודיים בפעולתם, כל אנזים נקשר לרצף ייחודי ב DNA שנקרא אתר ההגבלה, לאחר התקשרות האנזים לאתר הוא חותך את הסליל הכפול במקום ההיצמדות. הרצף באתר ההגבלה מורכב מ-4 עד 12 נוקלאוטידים. בטבלה הבאה שלוש דוגמאות לאנזימי הגבלה מאורגניזמים שונים והרצף ב DNA שהם נקשרים אליו:
מבנה האנזים
BamH1 שמקורו בחיידקי Bacillus amyloliquefaciens הוא חלבון שבנוי מ 213 חומצות אמינו, צורת האנזים כשאינו במצב קשירה כמשטח β מוקף סלילי α. הדבר היוצא דופן והייחודי במולקולת האנזים הוא זה שהיא עוברת שינויים מבניים לא שגרתיים בעת קשירה ל DNA ובכך מבנה ה DNA נשמר תקין ולא עובר עיוות דבר שמסייע לקשירת האנזים. באנזים BamHIמשטחי β1( β 3, β 4, β 5, β 6, β 7, and β) מוקפים ע"י סלילי α בקצה האחד של פיתול β, יש שלושה שיירים קטליטיים (Asp94, Glu111 ו-Glu113 ) שהם מהווים ביחד את האתר הפעיל של האנזים. שלושת חומצות האמינו האלו באנזים קושרות יון מגנזיום שפועל כקו פקטור. BamHI הוא דימר סימטרי. ה- DNA נקשר בחריץ גדול שנוצר בין דימרים, האנזים נקשר בצורה "מוצלבת". הקשר בין חלבון לבסיסים הוא באמצעות קשרי מימן ישירים או קשרי H בתיווך מים בין החלבון לכל קבוצה תורמת/מקבלת קשרי H בחריץ הראשי. כשהאנזים BamHI נקשר למולקולת DNA הוא עובר סדרה של שינויים מבניים ייחודיים. השינוי העיקרי כרוך בסליל α בקצה הקרבוקסילי של כל תת-יחידה. בצורת האנזים החופשי שאינו קשור ל DNA, אזורים אלה מסודרים, אך עם קשירת ה-DNA הסלילים הללו מתפרקים, ומקבלים מבנה משני סלילי לא מסודר חלקית, המכונה זרוע, דבר שגורם להתאמה בין ה DNA והאנזים. שינוי נוסף המתרחש עם קישור BamHI-DNA הוא שינוי במבנה הרבעוני של האנזים. פעולה זו "מצמידה" את ה-DNA לאנזים וגורמת ליצור מגעים רבים עם עמוד השדרה של ה DNA (השרשראות של הסוכרים). אנזים BamH1 מזהה הרצף הדו גדילי 3 -GGATCC-5 ונקשר איליו ומבקע הרצפים האלה אחרי הנוקלאוטיד 5-גאונין בכל גדיל ( G|GATCC) ,ע"י פירוק הקשר הפוספו-דיאסתירי בינו לבין הגאונין שאחריו, חיתוך זה נקרא חיתוך מדורג. כתוצאה מכך ייווצרו קצוות דביקים אורכם 4 נוקלאוטידים שיש להם נטייה להיצמד לחד גדילי בעל רצף משלים.
Relevance
Structural highlights
This is a sample scene created with SAT to by Group, and another to make of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.
| |||||||||||
