BamHI (Hebrew)
From Proteopedia
(Difference between revisions)
| Line 24: | Line 24: | ||
אנזים BamHI שמקורו בחיידקי Bacillus amyloliquefaciens הוא <scene name='90/900794/Amino_acids/4'>חלבון שבנוי מ 213 חומצות אמינו</scene> (הכדורים מייצגים האטומים של חומצות האמינו והDNA | אנזים BamHI שמקורו בחיידקי Bacillus amyloliquefaciens הוא <scene name='90/900794/Amino_acids/4'>חלבון שבנוי מ 213 חומצות אמינו</scene> (הכדורים מייצגים האטומים של חומצות האמינו והDNA | ||
בירוק), צורת האנזים כשאינו במצב קשירה כמשטח β מוקף | בירוק), צורת האנזים כשאינו במצב קשירה כמשטח β מוקף | ||
| - | <scene name='90/900794/Beta_sheet_and_alpha_helix/1'>מבנה שניוני של האנזים | + | <scene name='90/900794/Beta_sheet_and_alpha_helix/1'>מבנה שניוני של האנזים BamHI</scene> (סלילי אלפא מוצגים בצבע ירוק ומשטחי בטא בצבע כחול) |
<scene name='90/900794/Alpha_helix/1'>סלילי α</scene> ( סלילי אלפא מוצגים בצבע ירוק בדימר אחד ובכחול בדימר השני). הדבר היוצא דופן והייחודי במולקולת האנזים הוא זה שהיא עוברת שינויים מבניים לא שגרתיים בעת קשירה ל DNA ובכך מבנה ה DNA נשמר תקין ולא עובר עיוות דבר שמסייע לקשירת האנזים. | <scene name='90/900794/Alpha_helix/1'>סלילי α</scene> ( סלילי אלפא מוצגים בצבע ירוק בדימר אחד ובכחול בדימר השני). הדבר היוצא דופן והייחודי במולקולת האנזים הוא זה שהיא עוברת שינויים מבניים לא שגרתיים בעת קשירה ל DNA ובכך מבנה ה DNA נשמר תקין ולא עובר עיוות דבר שמסייע לקשירת האנזים. | ||
[https://els-jbs-prod-cdn.jbs.elsevierhealth.com/cms/attachment/543264/3803376/gr1.jpg באנזים BamHI] משטחי <scene name='90/900794/B_sheet/1'> ( β 3, β 4, β 5, β 6, β 7, β1) </scene>(משטחי בטא בצהוב וסלילי אלפא בוורוד) מוקפים ע"י סלילי α בקצה האחד של פיתול β, יש שלושה שיירים קטליטיים (Asp94, Glu111 ו-Glu113 ) שהם מהווים ביחד את <scene name='90/900794/Active_site/7'>האתר הפעיל</scene> של האנזים בסצנה רואים את ה DNA (באדום) נקשר לאתר הפעיל של האנזים בחומצות אמינו Asp94, Glu111 ו-Glu113 (מסומנות בירוק בדימר אחד ובכחול בדימר השני). שלושת חומצות האמינו האלו באנזים קושרות יון מגנזיום שפועל כקו פקטור. | [https://els-jbs-prod-cdn.jbs.elsevierhealth.com/cms/attachment/543264/3803376/gr1.jpg באנזים BamHI] משטחי <scene name='90/900794/B_sheet/1'> ( β 3, β 4, β 5, β 6, β 7, β1) </scene>(משטחי בטא בצהוב וסלילי אלפא בוורוד) מוקפים ע"י סלילי α בקצה האחד של פיתול β, יש שלושה שיירים קטליטיים (Asp94, Glu111 ו-Glu113 ) שהם מהווים ביחד את <scene name='90/900794/Active_site/7'>האתר הפעיל</scene> של האנזים בסצנה רואים את ה DNA (באדום) נקשר לאתר הפעיל של האנזים בחומצות אמינו Asp94, Glu111 ו-Glu113 (מסומנות בירוק בדימר אחד ובכחול בדימר השני). שלושת חומצות האמינו האלו באנזים קושרות יון מגנזיום שפועל כקו פקטור. | ||
| Line 32: | Line 32: | ||
כשהאנזים BamHI נקשר למולקולת DNA הוא עובר סדרה של שינויים מבניים ייחודיים. השינוי העיקרי כרוך בסליל α בקצה הקרבוקסילי של כל תת-יחידה. בצורת האנזים החופשי שאינו קשור ל DNA, אזורים אלה מסודרים, אך עם קשירת ה-DNA הסלילים הללו מתפרקים, ומקבלים מבנה משני סלילי לא מסודר חלקית, המכונה זרוע, דבר שגורם להתאמה בין ה DNA והאנזים. | כשהאנזים BamHI נקשר למולקולת DNA הוא עובר סדרה של שינויים מבניים ייחודיים. השינוי העיקרי כרוך בסליל α בקצה הקרבוקסילי של כל תת-יחידה. בצורת האנזים החופשי שאינו קשור ל DNA, אזורים אלה מסודרים, אך עם קשירת ה-DNA הסלילים הללו מתפרקים, ומקבלים מבנה משני סלילי לא מסודר חלקית, המכונה זרוע, דבר שגורם להתאמה בין ה DNA והאנזים. | ||
שינוי נוסף המתרחש עם קישור BamHI-DNA הוא שינוי במבנה הרבעוני של האנזים. פעולה זו "מצמידה" את ה-DNA לאנזים וגורמת ליצור מגעים רבים עם עמוד השדרה של ה DNA (השרשראות של הסוכרים). | שינוי נוסף המתרחש עם קישור BamHI-DNA הוא שינוי במבנה הרבעוני של האנזים. פעולה זו "מצמידה" את ה-DNA לאנזים וגורמת ליצור מגעים רבים עם עמוד השדרה של ה DNA (השרשראות של הסוכרים). | ||
| - | אנזים BamH1 מזהה הרצף הדו גדילי -GGATCC- ונקשר איליו ומבקע הרצפים האלה אחרי הנוקלאוטיד 5-גאונין בכל גדיל ( G|GATCC) ,ע"י פירוק הקשר הפוספו- | + | אנזים BamH1 מזהה הרצף הדו גדילי -GGATCC- ונקשר איליו ומבקע הרצפים האלה אחרי הנוקלאוטיד 5-גאונין בכל גדיל ( G|GATCC) ,ע"י פירוק הקשר הפוספו-דיאסטירי בינו לבין הגאונין שאחריו, חיתוך זה נקרא חיתוך מדורג. כתוצאה מכך ייווצרו [https://images.nagwa.com/figures/explainers/756143219780/2.svg קצוות דביקים] אורכם 4 נוקלאוטידים שיש להם נטייה להיצמד לחד גדילי בעל רצף משלים. |
</p> | </p> | ||
<p dir='rtl'> | <p dir='rtl'> | ||
Revision as of 15:22, 5 February 2022
BamHI אנזים חיתוך
מבוא
BamHI הוא אנזים הגבלה השייך לקבוצה גדולה של אנזימי חיתוך שהם אנזימים מסוגלים לחתוך DNA באזורים מסוימים. אנזימי ההגבלה הינם אנדונוקלאזות (כלומר חותכים בתוך מולקולות DNA), בניגוד לקבוצת אנזימי חיתוך DNA אחרים הקרויים אקסונוקלאזות המעכלים מקטעי DNA לינארים מקצוותיהם. אנזימי הגבלה, כמו כל אנזים אחר, ייחודיים בפעולתם, כל אנזים נקשר לרצף ייחודי ב DNA שנקרא אתר ההגבלה, לאחר התקשרות האנזים לאתר הוא חותך את הסליל הכפול במקום ההיצמדות. הרצף באתר ההגבלה מורכב מ-4 עד 12 נוקלאוטידים. בטבלה 1 שלוש דוגמאות לאנזימי הגבלה מאורגניזמים שונים והרצף ב DNA שהם נקשרים אליו:
| |||||||||||
References
מיכאל, ד' וירדן, ע' (2008). הנדסה גנטית מעקרונות ושיטות למחקר ויישומים. רחובות: מכון ויצמן המחלקה להוראת המדעים, הוצאת משרד החינוך.
