RuBisCO (Hebrew)

From Proteopedia

proteopedia linkproteopedia link

רוביסקו

spinqualitylabelsall models NON-ACTIVATED SPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH ITS SUBSTRATE RIBULOSE-1,5-BISPHOSPHATE Show:Asymmetric Unit Biological Assembly Drag the structure with the mouse to rotate   Export Animated Image

רוביסקו (ריבולוז-1,5-ביספוספט קרבוקסילאז/אוקסיגנאז) הוא האנזים הנפוץ ביותר בכדור הארץ. זהו האנזים המזרז את השלב הראשון במעגל קלווין כחלק מתהליך הפוטוסינתזה.
אנזים זה מעורב בקיבוע הפחמן, בתהליך זה פחמן דו-חמצני אטמוספרי מומר על ידי צמחים למולקולה עשירה באנרגיה, כמו גלוקוז. מבחינה כימית, הרוביסקו עושה קטליזה של הקרבוקסילציה של ריבולוז-1,5-ביפוספט (RuBP).

מבנה

בצמחים, אצות, ציאנובקטריה ופרוטאובקטריות (פוטוטרופיות וכמוטרופיות) הרוביסקו בדרך כלל בנוי משני תתי-יחידות, הנקראים Large-chain ו-Small chain. גודל ה-Large chain הוא 55,000 Da וגודל ה- Small chain הוא 13,000 Da.
אתרי הקישור ל (ריבולוז 1,5-ביפוספט) ממוקמים בשרשרת הגדולה (Large chain) היוצרת דימרים, שבהם חומצות אמינו מכל שרשרת גדולה תורמות לאתר הקישור. שמונה שרשראות גדולות (=4 דימרים) ושמונה שרשראות קטנות (Small chain) יוצרים (בכחול- שרשראות גדולות, בצהוב- שרשראות קטנות) גדול של בערך 540,000 Da.
בכמה פרוטאובקטריות ודינופלגלות נמצאו אנזימים בעלי תת-יחידות גדולות בלבד.
מבנה הרוביסקו בנוי מ-598 . החלבון בנוי רבים.
מבנה הרוביסקו הזה גובש מהצמח תרד Spinacia oleracea. המבנה כולל בתוכו גם את הסובסטרט הטבעי שלו - ריבולוז 1,5-ביפוספט (RuBP). המבנה של שניהם התגלה באמצעות X-ray crystalography ברזולוציות של 2.1 A ושל 2.4 A בהתאמה.

פעילות

הרוביסקו מוביל לשתי ריאקציות: קרבוקסילציה של ריבולוז-1,5-ביפוספט (האירוע העיקרי בפיקסציה של הפחמן הדן-חמצני) וגם לפרגמנטציה החמצנית של הסובסטרט פנטוז בתהליך הפוטורספירציה. שתי הריאקציות מתרחשות בו-זמנית ומתחרות על אותו אתר פעיל.

Structural highlights

This is a sample scene created with SAT to by Group, and another to make of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.

References

http://www.uniprot.org/uniprot/P00875
http://www.ruppweb.org/Xray/101index.html
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1RCX
http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A4%D7%95%D7%98%D7%95%D7%A1%D7%99%D7%A0%D7%AA%D7%96%D7%94