DD-transpeptidase (Hebrew)

From Proteopedia

proteopedia linkproteopedia link

טרנספפטידאז

טרנספפטידאז (D-alanyl-D-alanine Peptidase) הוא אנזים חיידקי המעורב בתהליך הסינתזה של דופן התא בחיידקים. הסובסטראט של אנזים זה היא דופן תא החיידק, הבנויה משרשראות ארוכות של פפטידוגליקן המחוברות זו לזו בקשר פפטידי ליצירת מבנה יציב וקשיח. אנטיביוטיקה מסוג בטא-לקטאם (לדוגמה: פניצילין) מעכבת באופן תחרותי ובלתי הפיך את האנזים, כך שנוצרת דופן פגומה, החיידק אינו עמיד בלחצים אוסמוטיים וכתוצאה מכך התא מתפוצץ והחיידק מת.

מבנה החלבון

גודל האנזים טרנספפטידאז הוא 37.5 קילו דלתון והוא בנוי מ406 חומצות אמינו. בדגם שגובש ומוצג בערך זה יש את המייצגות את החלבון הפעיל (עמדות 32-380) (4). המקטע שלא גובש כולל שרשרת פפטידית של 31 חומצות אמינו (1-31) הנחתכת מהחלבון לאחר שהוא מגיע ליעדו בדופן התא, ועוד מקטע של 26 חומצות אמינו (381-406) הנחתך מהחלבון לאחר אקטיבציה(3). 60% מהחלבון מורכב משרשראות פוליפפטידיות בעלות מבנה שניוני (סלילי אלפא ומשטחי בטא). האתר הפעיל של האנזים נוצר ע"י 4 חומצות אמינו בסיסיות ועוד 4 חומצות אמינו ארומטיות כאשר סרין במיקום 62 היא החומצה האמינית אשר קושרת אליה את הסובסטרט (1).

באתר הפעיל יש 8 חומצות אמיניות הנמצאו שמורות אבולוציונית בכל סוגי האנזימים ממשפחת הפפטידאזות. חומצות אמינו אלו ממוקמות בשלושה אזורים שונים באתר הפעיל והן יוצרות את הכיס הקטליטי של האנזים. סרין62 וליזין65 אחראיות לתגובה הכימית עם הסובסטראט(2), ושתי הקבוצות: טירוזין159-סרין160-אספרגין161, היסטידין298-תראונין299-גליצין300, הן חלק מאתרי הקישור לסובסטרט.

spinqualitylabelsall models Caption for this structure Show:Asymmetric Unit Biological Assembly Drag the structure with the mouse to rotate   Export Animated Image This is a default text for your page DD-transpeptidase (Hebrew). Click above on edit this page to modify. Be careful with the < and > signs. You may include any references to papers as in: the use of JSmol in Proteopedia [1] or to the article describing Jmol [2] to the rescue. האנזים חומצות אמינו מבנה שניוני האתר הפעיל פפטידאזות הקשר הקוולנטי פפטידוגליקן פניצילין פניציליום אלכסנדר פלמינג בלתי הפיך מעכב תחרותי היפוטונית Contents 1 Function 2 Disease 3 Relevance 4 Structural highlights Function Disease Relevance Structural highlights This is a sample scene created with SAT to by Group, and another to make of the protein. You can make your own scenes on SAT starting from scratch or loading and editing one of these sample scenes.

References

1. ↑ Hanson, R. M., Prilusky, J., Renjian, Z., Nakane, T. and Sussman, J. L. (2013), JSmol and the Next-Generation Web-Based Representation of 3D Molecular Structure as Applied to Proteopedia. Isr. J. Chem., 53:207-216. doi:http://dx.doi.org/10.1002/ijch.201300024
2. ↑ Herraez A. Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. Biochem Mol Biol Educ. 2006 Jul;34(4):255-61. doi: 10.1002/bmb.2006.494034042644. PMID:21638687 doi:10.1002/bmb.2006.494034042644