1ojs (Italian)
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| 1ojs, resolution 2.91Å () | |||||||||
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| Sites: | |||||||||
| Ligands: | , , | ||||||||
| Activity: | Malate dehydrogenase, with EC number 1.1.1.37 | ||||||||
| Domains: | LDH-like_MDH, Mdh | ||||||||
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| Resources: | FirstGlance, OCA, PDBsum, RCSB | ||||||||
| Coordinates: | save as pdb, mmCIF, xml | ||||||||
STRUTTURA A 2.9 A DI RISOLUZIONE DELLA MALATE DEHYDROGENASE DA ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS IN COMPLESSO CON NADH
La struttura cristallografica della malate dehydrogenase dell'archaeon ipertermofilico Archaeoglobus fulgidus, in complesso col suo cofattore NAD, fu risolta a una risoluzione di 2.9 A. La struttura mostra un omo-dimero compatto con un coenzime legato per sub-unità. Il sito di legame del sostrato è occupato da un ione di solfato. Per capire meglio i meccanismi di adattamento che permettono alla proteina di essere stabile ed attiva a temperature alte, la struttura 3D fu comparata a quelle di omologhi termostabili ed ipertermostabil, ed anche a una malate dehydrogenase alofilica. La proteina MalDH ipertermostabile di A; fulgidus mostra una riduzione della superficia esposta al solvente, un cuore idrofobico ottimizzato, un numero alto di legami idrogeno ed include un gran numero di paia di ione alla superficia della proteina. Queste caratteristiche accadono insieme a un numero ridotto di residui nella sub-unità della proteina, a causa di molte delezioni in regioni di collegamento. Questi cappi sono ulteriormente irrigiditi da collegamenti di paio di ione con elementi di struttura secondaria. A. fulgidus malate dehydrogenase è l'unica proteina dimerica conosciutta oggi, che appartiene alla famiglia di [LDH-like] MalDH. Tutti gli altri membri noti di questa famiglia sono omo-tetrameri. La struttura cristallografica rivela che l'associazione dei dimeri per formare tetrameri è impedita da diverse delezioni, che succedendo al livello di due cappi che sono conosciutti per essere essenziali per la formazione del tetramero nella famiglia delle LDH e [LDH-like] MalDH.
Riassunto tradotto da MEDLINE®/PubMed®, una banca dati del U.S. National Library of Medicine.
A proposito di questa Struttura
1OJS è una struttura a 1 catena di sequenza di Archaeoglobus fulgidus. Dalle informazioni cristallografiche completi sono disponibili su OCA.
Riferimento
- Irimia A, Vellieux FM, Madern D, Zaccai G, Karshikoff A, Tibbelin G, Ladenstein R, Lien T, Birkeland NK. The 2.9A resolution crystal structure of malate dehydrogenase from Archaeoglobus fulgidus: mechanisms of oligomerisation and thermal stabilisation. J Mol Biol. 2004 Jan 2;335(1):343-56. PMID:14659762
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