Sandbox hanin
From Proteopedia
This is a placeholder
== This is a placeholder text to help you get started in placing a Jmol applet on your page. At any time, click "Show Preview" at the bottom of this page to see how it goes.
Replace the PDB id (use lowercase!) after the STRUCTURE_ and after PDB= to load and display another structure.
| |||||||||
| 3cin, resolution 1.70Å () | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ligands: | , , | ||||||||
| Gene: | TM1419, TM_1419 (Thermotoga maritima MSB8) | ||||||||
| Activity: | Inositol-3-phosphate synthase, with EC number 5.5.1.4 | ||||||||
| |||||||||
| |||||||||
| Resources: | FirstGlance, OCA, RCSB, PDBsum, TOPSAN | ||||||||
| Coordinates: | save as pdb, mmCIF, xml | ||||||||
מאפיני מבנה של סליל α השרשרת הראשית בפנים, השרשאות הצדדיות פונות כלפי חוץ. כל קרבוניל יוצר קשר מימן עם האמיד שנמצא במרחק ארבע יחידות ממנו. שכיחות בטבע נמצא בדרך כלל סליל ימני למרות שאין מניעה לסליל שמאלי, כנראה בגלל העדפה של חומצות L, תערובות רצמית לא נותנת סליל. קטעים שונים של חלבון יכולים ליצור סליל, השרשרת הראשית נבנית מהשלד הפפטדי אך הראו שיש חומצות מסוימות שבהם השרשרת הצדדית מונעת אפשרות של יצירת סליל. אלנין הכי מייצב ליזין במצב של PH 7, אך כאשר אין איזון יש דחייה אלקטרוסטטית שיכולה לגרום למבנה אקראי. פרולין לא יכול ליצור קשרי מימן ולכן פולי פרולין יכול ליצור שבירה של סליל α. משטחי β המבנה השני שהוצע על ידי פאולינג הוא מבנה β. מבנה זה הרבה יותר פרוס ובו קשרי המימן הם ליטארלים בין השרשראות, בין שתי שאריות שכנות ולא בתוך אותה ששרשרת. סלילים נוספים סלילים נוספים שהם פחות יציבים מסליל α כמו סליל 310 הוא פחות יציב משום שהחלל הפנימי בתוך הסליל איננו צפוף – אין מרחקי ואן דר וואלס.
סליל עלול להיות יציב בעזרת סולבנט בתוך הסליל, אך עדיין לא התגלה בחלבונים.
צורת הסליל מאופיינת לפי פרמטרים של מספר היחידות לסיבוב. ייצוב המבנה המרחבי המבנה המרחבי של החלבון מיוצב על ידי הגבלת על חופש הסיבוב של קשרי השרשרת הראשית. ההגבלות הם: • פלנאריות בקשר הפפטידי • טרנס מועדף • קשרי מימן • הגבלות מרחביות הגבלות מרחביות מבחינת מרחב יש הפרעה אסטרית שהופכת חלק מהמבנים לבלתי אפשריים. הגבלת ramachandran – איפה שיש דחייה סטרית המבנה הינו בלתי אפשרי, לפי נתון זה בנה מפה של כל המבנים האפשריים, האזורים הלבנים הם אזורים שמשקולי התנגשות פשוטים אין הגבלה. כבר 75% מהמבנים בגלל ההפרעה המרחבית לא אפשריים. הגרף מראה שיש מספר גדול מאד ממרחב הזווית האפשריות של פסאי ופאי שאסור משקולים מרחבים. אך עדיין נשאר מרחב מספיק גדול שמאפשר אין סוף של מבנים אפשריים. ממוצע של חלבון הוא מאה חומצות אמינו וממאה חומצות אלו ניתן לבנות הרבה חלבונים שונים. ==
