|
- Na vidíte krátký úsek polypeptidového řetězce, na kterém si ukážeme základní vlastnosti primární struktury proteinu. Atomy tvořící hlavní řetězec jsou v cik-cak uspořádání, jak vyplývá geometrie jejich vazebných orbitalů. Postranní řetězce aminokyselin (takzvané R skupiny) vyčnívají to prostoru po stranách hlavního řetězce.
- Podívejme se nyní na mezi dvěma aminokyselinami. Kvůli počtu elektronů ve vazebných orbitalech, peptidová vazba vykazuje některé vlastnosti dvojné vazby, která brání volné rotaci atomů na obou stranách této vazby. To znamená, že šest atomů v označených na modelu, jsou spoutané v planární konformaci. Přesvědčte se o tom na .
- Hlavní řetězec je složen ze stále se opakující sekvence atomů: , , . Kvůli rotaci neumožněné na peptidové dvojné vazbě, polypeptidový řetězec můžeme pozorovat jako řetězec obdélníků. Každý z těchto může volně rotovat ve vztahu k ostatním.
- Sekundární struktura - Ve většině proteinů se nachází dva typy sekundární struktury.
- – spirálovitá struktura s výškou závitu 0,56 nm s . Nyní . Kostra polypeptidového řetězce tvoří spirálu na vnitřním okraji struktury a postranní řetězce jednotlivých aminokyselin vyčnívají ven do prostoru. Nyní skryjeme postranní řetězce pro přehlednější zobrazení a . Takzvaný zvýrazňuje spirálovitou strukturu hlavního řetězce, zatímco ukazuje uspořádání postranních řetězců. Alfa-helix je struktura zpevněná mnoha . Každá skupina tvořící peptidovou vazbu tvoří spirály.
- Primární struktura určuje strukturu sekundární neboli sekundární struktura je určená sekvencí aminokyselin. Nyní se podíváme na a .
- - Polypeptidový řetězec je v tomto případě uspořádaný cik-cak.
- Skryjeme a pro lepší porozuměníPolypeptidový řetězec má rovné směrované úseky oddělené beta ohyby. Nyní znovu zvýrazníme a mezi sousedními rovnými úseky hrající i v této struktuře významnou stabilizační roli. Nakonec se podíváme na beta struktury.
|
