Template:ABSTRACT PUBMED 12083528 (Italian)
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La struttura cristallografica dell'enzima glicosomale pyruvate phosphate dikinase del parassita protozoario africano Trypanosoma brucei è stata risolta a 3.0 A di risoluzione per sostituzione molecolare. Il modello di ricerca era la struttura a 2.3 A di risoluzione dell'enzima di Clostridium symbiosum. A causa degli orientamenti relativi differenti degli domini e sub-domini nelle due strutture, la sostituzione molecolare non è potuta essere realizzata che posizionando questi elementi, quattro corpi in tutto, sequenzialmente nell'unità asimmetrica del cristallo di gruppo spaziale P2(1)2(1)2 che contiene una sub-unità della pyruvate phosphate dikinase (PPDK). Il modello affinato, comprendendo 898 residui e 188 molecole di solvente per sub-unità, ha un residuo cristallografico Rf =0.245 (fattore R libero Rfree =0.291), e mostra una stereochimica soddisfacente. Otto regioni, comprendendo un totale di 69 residui alla superficia della molecola, sono disordinate in questa forma cristallina. Le sub-unità di PPDK sono aggiustate intorno all'asse cristallografico di ordine 2 come un dimero, analogo a quell'osservato nell'enzima di C. symbiosum. Il paragone delle due strutture è stato effettuato da sovrapposizione dei due modelli. Sebbene il ripiegamento di ogni dominio o sub-dominio siano simili, gli orientamenti relativi di questi elementi costitutivi sono differenti nelle due strutture. L'enzima tripanosomale è "più ricurva" che l'enzima batterica, con la curvatura che aumenta dal centro della molecola, vicino all'asse di ordine 2 molecolare, verso la periferia dove il dominio N-terminale è localizzato. Conformemente a questa curvatura aumentata e delle differenti posizioni relative degli sub-domini, la fessura di legame del nucleotide nel dominio amino-terminale è più larga nella PPDK di T. brucei: il frammento N-terminale del dominio amino-terminale è localizzato a distanza del histidine catalitica 482, competente per la reazione di fosfo-trasferimento, pressappoco a 10 A di distanza. Le nostre osservazioni suggeriscono che le esigenze di movimenti di domini durante la catalisi per l'enzima potrebbero includere l'allargamento della fessura di legame del nucleotide, per permettere l'accesso e la partenza dei ligands AMP o ATP.
The 3.0 A resolution crystal structure of glycosomal pyruvate phosphate dikinase from Trypanosoma brucei., Cosenza LW, Bringaud F, Baltz T, Vellieux FM, J Mol Biol. 2002 May 17;318(5):1417-32. PMID:12083528
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