Template:ABSTRACT PUBMED 15299846 (Italian)
From Proteopedia
La struttura cristallografica tridimensionale dell'enzima glyceraldehyde phosphate dehydrogenase del kinetoplastida Trypanosoma brucei brucei è stata risolta ad una risoluzione di 3.2 A a partire da un gioco di dati completi al 37%, registrati utilizzando il metodo di Laue. I cristalli utilizzati nella determinazione della struttura contengono 1.5 molecole di enzima tetramerica nell'unità asimmetrica, cioe sei sub-unità identiche. Il calcolo delle fasi iniziali è stato effettuato dal metodo di sostituzione molecolare, utilizzando le coordinate affinate della olo-glyceraldehyde phosphate dehydrogenase di Bacillus stearothermophilus come modello di ricerca. La distribuzione di densità elettronica iniziale, ottenuta a partire dalla soluzione di sostituzione molecolare, è stata migliorata enormemente da una procedura che consiste in 36 cicli facendo la media della densità elettronica. Durante la procedura (facendo la media), le riflessioni mancanti (il 63% dei dati) sono state introdotte progressivamente come fattori di struttura di inversione di carta. Al completamento della procedura, il fattore R tra le ampiezze di inversione di carta (facendo la media) e delle ampiezze degli fattori di struttura osservati era del 19.0% per tutto i dati entrano 7.0 e 3.2 A di risoluzione, e quello tra le ampiezze di inversione di carta e le ampiezze degli fattori di struttura dei dati registrati piu tardi era del 41.9 %. Dopo la ricostruzione del modello nella carta di densità elettronica risultante (facendo la media), l'affinamento secondo le procedure di dinamica molecolare con X-PLOR ha fornito il modello attuale che ha un fattore R del 17.6% per 34835 riflessioni tra 7.0 e 3.2 A di risoluzione. Il modello affinato, comprendendo 2735 atomi di proteina più una molecola di NAD(+), e due ioni solfato per sub-unità, ha degli scarti (deviazioni) r.m.s. dei valori ideali di 0.02 A per le lunghezze di legame e 3.6 gradi per gli angoli di legame. Tutte le sub-unità, situate nella molecola tetramerica o nel mezzo-tetramero, presenti nell'unità asimmetrica, sono collegate insieme con una simmetria di ordine 2 quasi perfetta. La struttura globale della sub-unità della glyceraldehyde phosphate dehydrogenase glicosomale, e la sua sistemazione quaternaria nella molecola tetramerica, sono simili a queste dell'enzima di astice e di Bacillus stearothermophilus, con differenze r.m.s. tra le posizioni Calpha equivalenti di 0.71 e 0.64 A, rispettivamente). Le differenze principali tra le strutture sono la presenza di tre inserzioni, più la sostituzione di un filo beta per una corta elica alfa, i due che appaiono alla superficie della sub-unità dell'enzima glicosomale.
Refined 3.2 A structure of glycosomal holo glyceraldehyde phosphate dehydrogenase from Trypanosoma brucei brucei., Vellieux FM, Hajdu J, Hol WG, Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 1995 Jul 1;51(Pt 4):575-89. PMID:15299846
From MEDLINE®/PubMed®, a database of the U.S. National Library of Medicine.
